L’estuaire de la Seudre est situé dans le bassin de Marennes-Oléron, au cœur de l’écosystème des Pertuis Charentais. L’estuaire alimente la majorité des surfaces de claire de la région, qui elle même, assure plus de la moitié de la commercialisation nationale. La contamination microbiologique de l’estuaire de la Seudre est donc un enjeu majeur pour l’ostréiculture. L’estuaire possède un bassin versant de faible dimension et dont le fonctionnement hydrologique est particulier. Il est relié à un très important ensemble de zones humides, et les débits d’eau douce sont dépendants de la gestion d’ouvrages hydrauliques. Les périodes d’étiage sont sévères et longues, et les apports d’eau douce à l’estuaire sont quasiment nuls en fin d’été et en début d’automne.L’analyse détaillée des résultats du REMI indique que le secteur en amont de la commune de l’Eguille est le plus exposé aux contaminations bactériologiques d’origine fécale. De plus, ces contaminations sont principalement estivales et automnales. La campagne d’échantillonnage, réalisée entre avril et août 2010, est focalisée sur ce secteur amont de l’estuaire le plus exposé aux contaminations. Quatorze exutoires ont été identifiés, parmi eux, quatre (Saujon amont, le Berthu, le Treuil et l’Illate) ont contribués à la contamination microbiologique du secteur étudié. Deux de ces exutoires (le Treuil et l’Illate) contribuent majoritairement aux épisodes de contamination les plus intenses. L’analyse des paramètres environnementaux a également montré un lien fort entre la contamination microbiologique de l’estuaire et les conditions hydrodynamiques. Lorsque les débits issus de la Seudre fluviale deviennent nuls, les conditions hydrodynamiques sont fortement modifiées. Il en résulte des conditions défavorables au renouvellement des masses d’eau et donc une augmentation des concentrations en E.coli. . La qualité microbiologie de l’estuaire semble donc en partie liée à la gestion quantitative de l’eau douce sur le bassin versant. Les résultats de la campagne d’échantillonnage sont spécifiques du secteur de l’estuaire étudié et de la période d’échantillonnage. Il est nécessaire d’élargir la démarche à une plus grande échelle spatiale et temporelle afin de caractériser la contamination de l’estuaire de manière plus complète