La plus grande partie des marais de la rivière de Pénerf a été classée insalubre en 1941. Il importait d'en revoir le classement au vu des normes de salubrité précises (définies seulement depuis 1976) et parce que leur potentiel aquacole parait de plus en plus intéressant. Malgré quelques signes d’alarme la salubrité de la rivière est globalement acceptable. Les zones insalubres elles-mêmes, bien que légèrement hors normes, ne paraissent pas d'une qualité rédhibitoires pour l'élevage de coquillages si l'on admet que ceux-ci peuvent être décontaminés ensuite par reparcage en zone salubre (contaminations non irrémédiables). Enfin le marais de Saint-Guérin pour lequel il existe des projets de claires d'affinage, apparaît tout à fait conforme et serait donc à reclasser en zone salubre.