Détection automatique par visionique des Dinophysis spp. contenus dans des échantillons d'eau de mer. Premiers résultats

Type Rapport
Date 1991-06
Langue(s) Français
Référence DRO-91-03-MR
Auteur(s) Le Dean Loic1, Gauthier Franck1
Affiliation(s) 1 : Ifremer, france
Mot-Clé(s) Dinophysis, phytoplancton, visionique, reconnaissance de forme, segmentation, binarisationcontours
Résumé Nous avons réalisé cette étude dans le but de fournir aux agents d'IFREMER chargés de la surveillance des eaux littorales et en particulier de la flore phytoplanctonnique, un outil permettant d'identifier et de compter les cellules de Dinophysis de façon automatique. La visionique nous semblant être une discipline qui se prêtait à ce type de détection, nous avons réalisé une étude de faisabilité d'un système d'analyse d'il}1age appliqué à la reconnaissance et au comptage de Dinophysis.
Le capteur utilisé est une caméra J.V.C Tri C.C.D transmettant trois images (rouge - verte - bleue) à un ordinateur compatible A.T.. Celui ci est équipé d'un ensemble de cartes MATROX de numérisation et traitement d'images et d'un coprossesseur arithmétique.
Les applications que nous avons testées ont été développées à partir du logiciel SAMBA de TITN qui s'intègre dans un environnement Windows (Microsoft) sous MS DOS.
L'étape de segmentation s'est avérée une phase très délicate à réaliser avec le type d'objets contenus dans nos images. Nous avons donc essayé plusieurs méthodes : binarisation - filtre récursif - modèle de profil cellulaire . Les deux premières ne se sont pas révélées adaptées à notre application, la troisième a donné des résultats intéressants pour la détection des contours. Mais les traitements complémentaires (ex : analyse structurelle des contours) qu'il aurait été nécessaire de mettre en oeuvre pour aboutir à une reconnaissance. automatique nous ont paru compliqués et couteux en temps de traitement.

Une segmentation basée sur un critère de couleur a également été testée. Cette application qui nécessite l'utilisation d'une caméra Tri C.C.D et d'un colorant ("brillant blue") donne des résultats encourageants. La pénétration du colorant dans les cellules de Dinophysis facilite leur repérage. TI donne également une coloration qui est bleue pour les Dinophysis, un certain nombre d'autres espèces et certains débris, mais qui est brune pour d'autres d'objets et en particulier les cellules de Prorocentrum micans (Prorocentrum est morphologiquement proche de Dinophysis). Le "brillant blue" semble cependant être plus discriminant lorsque les cellules de Dinophysis proviennent d'échantillons frais. Il faudra donc confirmer cette méthode en la testant sur un grand nombre de prélèvements lors de la prochaine prolifération de Dinophysis.
Texte intégral
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Comment citer 

Le Dean Loic, Gauthier Franck (1991). Détection automatique par visionique des Dinophysis spp. contenus dans des échantillons d'eau de mer. Premiers résultats. DRO-91-03-MR. https://archimer.ifremer.fr/doc/00136/24714/