La surveillance et le suivi de la qualité du milieu est une des missions essentielles confiées au Laboratoire CSRU. Au Laboratoire de La Rochelle, le problème de l'assainissement et en particulier des rejets en mer, dans les zones conchylicoles des effluents des stations d'épuration fait l'objet, depuis plusieurs années, d'un contrôle régulier. Chaque contrôleur assure cette tâche par des prélèvements, effectués dans les différentes stations de leur circonscription.