Le saumon frais et les crevettes cuites commercialisés dans la grande distribution sont souvent présentés sous forme de portions conditionnées sous vide ou sous atmosphère enrichie en CO2. Cette atmosphère protectrice inhibe la croissance de certaines bactéries, cependant, d’autres bactéries tolérantes au CO2 vont dominer le microbiote d’altération de ces produits. L’objectif de cette thèse a été d’approfondir la connaissance de la flore à l’origine de leur altération. La description de l’écosystème microbien d’altération des pavés de saumon et des crevettes tropicales cuites a été réalisée à l’aide de méthodes microbiologiques traditionnelles et moléculaires comme la PCR-TTGE et le pyroséquençage. Les bactéries lactiques, notamment Lactococcus piscium, Carnobacterium maltaromaticum, Carnobacterium divergens, Lactobacillus sakei ainsi que des bactéries à Gram négatif comme Photobacterium phosphoreum et des entérobactéries (Serratia spp.) ont été considérées comme groupes bactériens dominants au moment de l’altération du saumon cru sous atmosphère protectrice par ces deux types de méthodes. Shewanella baltica et C. maltaromaticum étaient les bactéries majoritairement présentes dans les crevettes tropicales cuites entières altérées alors que les bactéries lactiques comme Carnobacterium spp., Leuconostoc spp. et Streptococcus parauberis constituaient le groupe bactérien dominant des crevettes tropicales cuites décortiquées altérées analysées par pyroséquençage. Afin d’identifier les bactéries responsables de l’altération de ces produits, le potentiel d’altération de plusieurs de ces espèces a été étudié en réalisant des inoculations sur produits stériles. L’altération de ces échantillons a ensuite été caractérisée grâce à une combinaison de méthodes sensorielles, chimiques, microbiologiques et moléculaires. L’analyse des composés volatils par chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse (GC-MS) a également été réalisée pour certains échantillons. C. maltaromaticum et S. baltica sont toutes deux impliquées dans l’altération des crevettes tropicales entières cuites et P. phosphoreum s’est révélée être la bactérie responsable de l’altération du saumon cru sous atmosphère protectrice. Aucune méthode classique de quantification spécifique de P. phosphoreum n’étant disponible, une méthode de PCR en temps-réel combinée à un traitement préalable des échantillons au propidium monoazide (PMA) a ensuite été développée et appliquée avec succès, dans le but de dénombrer les cellules viables de cette bactérie dans des échantillons de saumon cru.

Raw salmon and cooked shrimp sold in supermarket are usually found under vacuum or CO2 modified atmosphere packaging (MAP). This type of packaging inhibit growth of some bacteria, therefore, CO2 tolerant bacteria dominate spoilage microbiota of these products. The aim of this study is to improve knowledge about bacteria involved in spoilage. Spoilage microbial ecosystems of raw salmon and tropical cooked shrimp were described using classic miocrobiological and molecular methods like PCR-TTGE and pyrosequencing. Lactic acid bacteria, notably Lactococcus piscium, Carnobacterium maltaromaticum, Carnobacterium divergens, Lactobacillus sakei, and Gram negative bacteria like Photobacterium phosphoreum and Enterobacteriaceae (Serratia spp.) has been described as dominant bacterial groups on spoiled MAP salmon by using both type of methods. Shewanella baltica and C. maltaromaticum were mostly present in spoiled entire tropical cooked shrimp while, Carnobacterium spp., Leuconostoc spp. and Streptococcus parauberis dominated spoiled peeled tropical cooked shrimp analyzed with pyrosequencing. In order to identify the bacteria responsible for these products spoilage, spoilage potential of several of these species was investigated using sterile matrix inoculation. Then, combining sensory, chemical, microbiological and molecular methods, spoilage of the inoculated samples was characterized. Volatile compounds analysis (GC-MS) of some samples was also realized. C. maltaromaticum and S. baltica are both implied in entire tropical cooked shrimp spoilage and P. phosphoreum was revealed to be responsible for MAP salmon spoilage. As no specific medium is available for enumeration of P. phosphoreum species in seafood products, a real time PCR method combined with propidium monoazide treatement was , thus, developed and used to quantify viable cells of this bacteria in salmon samples.