Les politiques publiques mises en place pour la reconquête de la bonne qualité des écosystèmes lagunaires se sont attachées à réduire les intrants d’éléments nutritifs (N et P). Cependant, au cours des 30 dernières années, les lagunes ont stocké d’importantes quantités de ces éléments, notamment dans les sédiments. Par conséquent, ce stock sédimentaire est de nature à freiner la restauration des milieux lagunaires (hystérésis) et à retarder l’atteinte du bon état écologique (Directive Cadre sur l’Eau). Six stations réparties le long du gradient d’eutrophisation des lagunes méditerranéennes ont été suivies en avril, juillet et novembre 2012 afin d’estimer les flux biogéochimiques à l’interface entre le compartiment benthique et la colonne d’eau. Les résultats obtenus dans le cadre de ce projet mettent en évidence le rôle central du compartiment benthique dans les processus de restauration des lagunes méditerranéennes puisque les stations les plus eutrophisées alimentent en nutriments la colonne d’eau tout au long de l’année. En considérant une exportation de matière faible liée aux échanges de masses d’eau limités avec la mer, le temps de restauration des lagunes méditerranéennes vis-à-vis de l’eutrophisation semble long pour l’azote (entre 50 et 100 ans) et pourrait même dépasser 170 ans dans 50% des cas pour le phosphore.