L'activité de transport maritime dans les eaux côtières et les ports français nécessite que les navires ballastent ou déballastent pour décharger ou prendre du frêt. L'eau de mer (ou d'estuaire) rejetée à cette occasion a souvent été prise aux escales précédentes dans d'autres parties du monde et peut contenir des organismes vivants néfastes pour la faune, la flore, ou l'activité économique des régions côtières françaises. Il en est de même des eaux françaises prises comme ballast. Certaines espèces peuvent proliférer dans un nouveau milieu où les facteurs de leur régulation n'existent plus et devenir envahissantes (jacinthes d'eau en Floride ou moules zébrées dans les Grands Lacs). Les plus néfastes sont les bactéries et le phytoplancton toxique. L'épidémie de choléra qui a sévi sur les côtes Sud Américaines en 1992, peut être importée d'Asie du Sud Est par eaux de ballast, est à l'origine de contamination de coquillages sur les côtes du golfe du Mexique (Louisiane, Alabama). Sur dix neuf navires échantillonnés dans les ports américains (et venant d'Amérique du Sud) cinq portaient des eaux de ballast hébergeant Vibrio cholerae (variétés 01 et 0139) agents de l'épidémie, lesquels auraient également été retrouvés dans les coquillages de la même zone. L'économie des régions côtières françaises, très peuplées, est étroitement dépendante d'un milieu marin équilibré et non pollué. La pêche côtière l'aquaculture et même le tourisme nécessitent des écosystèmes marins en bonne santé. A l'instar de ce qui est réalisé dans les pays avancés, il était nécessaire d'évaluer les risques liés à l'activité de déballastage des navires. Après une première évaluation des provenances d'eau sur un port charentais (D. FOUCHE, D. MASSON 1999) une campagne de prélèvements sur des navires de transport faisant escale dans les principaux ports français a été commandée par le Ministère de l'Equipement, (Direction Technique de la Mer des Port et du Littoral), ainsi que les Ports Autonomes. Les résultats devaient permettre à la France, d'apprécier la réalité de la menace et de participer au règlement international de ce problème (législation solutions, techniques, etc ... ). C'est à notre connaissance la seule étude en cours en France sur le sujet.