Des arbres phylogénétiques ont été construits par les méthodes de distances et de parcimonie, à partir des séquences alignées de l'extrémité 5' de l'ARNr 285 de 17 espèces de polychètes. Les Alvinellidae forment un taxon monophylétique, au sein du groupe également monophylétique des Terebellomorpha. À l'intérieur de la famille des Alvinellidae, le genre Alvinella (2/2 espèces étudiées) est un taxon monophylétique. De même, les espèces étudiées de Paralvinella (3/9 espèces) forment un groupe monophylétique. L'allongement de 30 nucléotides du domaine D1 chez Alvinella s'explique par des insertions en blocs de 3 à 11 nucléotides dont la fixation n'a vraisemblablement pas beaucoup changé la conformation de l'ARNr. Cette fixation a pu être favorisée par la nécessité de colonisations rapides de nouveaux sites hydrothermaux actifs (isolement spatial des sources et courte période d'activité). La comparaison des séquences des polychètes étudiées avec celles d'invertébrés marins côtiers tempérés ou polaires montre que la richesse relative en cytosine-guanosine (C+G) du domaine D1 des Alvinellidae n'a pas de lien direct avec les conditions particulières du milieu hydrothermal, infirmant une hypothèse récemment avancée.

Phylogenetic trees were inferred by both distance and parsimony methods, using aligned sequences of the 28S rRNA 5'-end of 17 Polychaete species. Aphelinidae is a monophyletic taxon among the Terebellomorpha which also make a monophyletic group. Alvinella (2/2 species studied) is also a monophyletic taxon. The Paralvinella species (3/9 species) we studied cluster also in a monophyletic group. The D-1 domain of Alvinella is longer in other Polychates (30 nucleotides more). This is explained by the insertions of groups of 3 to 11 nucleotides whose fixation probable did not change so much rRNA conformation. This fixation could have been promoted by the necessity of fast recolonizations of new active hydrothermal vents (spatial isolation and ephemeral habitat). The comparison of the studied sequences of Polychates with those of coastal temperate and polar marine invertebrates shows that the relatively high Cytosine-Guanosine (C+G) level found in alvinellid sequences is not directly related to the particular characteristics of the hydrothermal environment as recently hypothetized.