Un protocole d 'échantillonnage et de mesure de la qualité des eaux marines pénétrant dans les marais salés endigués et claires ostréicoles du littoral de la Charente-Maritime a été mis en place en 2001 dans le cadre du projet IFREMER /Poitou-Charentes sur la «gestion durable des activités anthropiques en marais et zone littorale». Ce réseau d 'observation sera poursuivi chaque année tout au long de la période du contrat de plan, lors d'une pleine mer de vives eaux d 'automne (Novembre ou Décembre), en recherchant des conditions de marée théoriquement similaires (coefficient et heures de pleine mer proches chaque année d 'observation). La première campagne a montré l'importance de l 'eau douce dans les apports de matière dissoute minérale (sels nutritifs azotés, phosphorés et silicatés) comme organique (carbone organique dissous). En 2002 l 'azote et le carbone organique dissous pourront être analysés avec plus de finesse, en raison de l 'acquisition très récente d 'un analyseur spécifique, implanté au CREMA, ayant bénéficié d 'un co financement CPER. La qualité des eaux littorales pénétrant dans le marais charentais semble influencée à la fois par les apports terrigènes (eau douce des rivières), les activités conchylicoles en mer, et la géomorphologie des fonds marins au voisinage des stations observées. Les eaux sont plus pauvres en chlorophylle a (indicateur de la disponibilité en nourriture pour les coquillages filtreurs) dans le secteur sud du littoral charentais. Le phosphore apparaît à cette période de l'année l'élément particulièrement limitant dans toutes les eaux qui alimentent le marais salé charentais. Ces résultats ont été confirmés par l'étude complémentaire sur la capacité trophique des eaux des chenaux d 'alimentation pour les diatomées, réalisée simultanément par nos collègues de l 'Université de Nantes. Il est apparu d 'autre part que les eaux pouvaient mettre beaucoup de temps pour parvenir, sans modification profonde de la qualité, aux entrées des marais endigués. L'étude complémentaire menée en janvier 2002 sur le chenal des Eveillards de l 'île de Ré a montré que pour une distance de 700 m environ, il fallait attendre, en vives-eaux moyennes, au moins l'heure de la pleine mer pour que le marais puisse obtenir une eau de la qualité « Fosse de Loix/entrée de chenal », alors que à l 'entrée du chenal on avait déjà cette qualité deux heures à deux heures trente avant la pleine mer.