Les bivalves jouent un rôle important dans le fonctionnement et la structure des écosystèmes marins et présentent un intérêt économique non négligeable en tant que ressources alimentaires dans de nombreux pays. En raison de leur impact négatif sur les populations de mollusques sauvages et d’élevage, les parasites protozoaires des genres Bonamia, Marteilia et Perkinsus font l’objet de programmes de surveillance et de travaux de recherche visant à mieux décrire leur diversité et leurs interactions avec leurs hôtes. Les travaux que nous avons réalisés sur ces parasites protozoaires visent à mieux comprendre pourquoi ces interactions, apparemment stables, sont sans cesse réajustées et pourquoi l’équilibre d’un système hôte-parasite est dynamique. Les résultats obtenus laissent en effet apparaître une diversité inter et intra spécifique des parasites protozoaires étudiés associée à des spécificités d’hôtes et des stratégies de transmission variées. De plus, la notion de course aux armements entre hôte et parasite a été abordée à travers l’étude du modèle huître plate Ostrea edulis et parasite intracellulaire Bonamia ostreae. Ces interactions dépendent également des micro-organismes associés et des conditions environnementales qu’il apparaît aujourd’hui nécessaire d’explorer.