Les espèces ingénieurs modifient et façonnent leur environnement. Elles jouent des rôles souvent clés dans la structure et le fonctionnement des habitats, notamment dans les environnements marins côtiers. A travers plusieurs modèles biologiques, choisis essentiellement parmi les espèces tubicoles, cette synthèse s’intéresse aux effets des espèces ingénieurs sur la biodiversité des habitats, mais également sur leur fonctionnement. Même s’il existe un consensus pour dire que la présence d’espèces ingénieurs augmente la richesse spécifique, les changements sur la faune associée sont souvent complexes. En modifiant les paramètres environnementaux, les espèces ingénieurs ont des effets marqués sur la composition même des assemblages d’espèces : tantôt elles génèrent des habitats qui facilitent l’implantation d’un large spectre d’espèces, tantôt elles créent des conditions extrêmes qui sélectionnent fortement les espèces associées. Les espèces ingénieurs marines sont souvent grégaires et particulièrement abondantes. Elles sont aussi souvent suspensivores, c'est-à-dire qu’elles s’alimentent à partir de la matière en suspension dans la colonne d’eau. Ainsi, elles affectent également le fonctionnement des écosystèmes qu’elles colonisent, en particulier les structures et les flux des réseaux trophiques. L’utilisation de marqueurs trophiques permet de montrer comment de fortes densités de suspensivores peuvent affecter les flux de matière organique dans les réseaux trophiques côtiers ainsi que les relations entre les espèces. La compétition trophique entre suspensivores est limitée par une grande variété de mécanismes de capture, de sélection et de transport des particules alimentaires. Plusieurs perspectives de développement de ces travaux portent sur des indices de diversité fonctionnelle des habitats structurés par ces espèces ingénieurs. Ces indices doivent servir à quantifier la gamme des changements des fonctions écologiques assurées par ces habitats, souvent soumis à des pressions globales ou localisées. Les traits biologiques des espèces et/ou les marqueurs trophiques (isotopes et acides gras) apparaissent comme des pistes intéressantes pour quantifier les niches fonctionnelles théoriques et réalisées par les assemblages d’espèces associées aux habitats structurés par les espèces ingénieurs.