L'activité conchylicole sur la rivière du Faou se résume pour l'heure à l'élevage d'huîtres creuses pour lequel d'estuaire est classé en zone de salubrité B. Suite à la sollicitation du Comité Régional des Pêches Maritimes et des Elevages Marins (CRPMEM) de Bretagne pour y entreprendre une étude sanitaire sur les coquillages du groupe 2 (palourdes), l'administration départementale a donné un avis favorable et mission l'Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la MER (Ifremer) pour mener à bien cette étude. Les résultats obtenus ont mis en évidence une qualité chimique satisfaisante des palourdes et à l'opposé, une qualité bactériologique médiocre, induisant une estimation de la qualité en zone de salubrité C pour ces bivalves du groupe 2. En l'absence de différence marquée entre les deux points échantillonnés celui de Verveur vian a été identifié comme plus exposé aux sources d'apports contaminants situées en amont de la rivière du Faou. Il a donc été retenu comme point de référence dans le cadre de la surveillance ultérieure du réseau microbiologique REMI. L'analyse des données a pu déceler une différence marquée entre les niveaux de contamination moyens entre la période estivale (juin à septembre) et le reste de l'année (octobre à mai). Cependant, la fréquence élevée des concentrations bactériennes, supérieures au seuil réglementaire de 4600 E.coli/100g tout au long de l'année n'a pas permis de proposer un classement alternatif de la zone. Par ailleurs, l'absence de relation entre la pluviométrie et la contamination bactérienne souligne le rôle prépondérant des rejets ponctuels sur les rejets diffus. Dans le cadre de la réglementation européenne des zones conchylicoles et de l'approche préventive qu'elle sous-tend, nous avons entrepris l'identification des sources potentielles de contamination bactériologique à l'échelle du bassin versant. Les informations fournies par les acteurs du bassin versant (administrations, collectivités...) accréditent l'idée d'une contamination aux origines multiples (urbaine, agricole voire industrielle). Un recensement des émissaires sur le littoral estuarien a été complété par deux campagnes de prélèvements d'eaux pour apprécier les apports antrophiques. Les résultats révèlent des concentrations plus abondantes à quatre exutoires, le Faou amont, le Faou rive droite, Poulmoïc et Keronézou. Une évaluation complémentaire des flux bactériens en périodes sèches et pluvieuses permettrait de mieux appréhender l'impact respectif des sous bassins incriminés, base d'un plan d'actions approprié et hiérarchisé susceptible de restaurer la qualité sanitaire des eaux estuariennes et donc d'affirmer la vocation conchylicole de cet espace maritime.