Cette étude s’est inscrite dans un contexte d’évaluation de la salubrité des mollusques bivalves destinés à la consommation humaine. Ces organismes peuvent en effet accumuler des toxines, en particulier de microalgues, en concentrations importantes, pouvant induire des intoxications chez les personnes les consommant. Afin d’assurer la protection des consommateurs, les toxines réglementées sont recherchées dans les coquillages par techniques physico-chimiques. En parallèle, les toxines émergentes, potentiellement produites par d’autres organismes que les micro-algues telles que les micromycètes, peuvent être detectées par l’utilisation du test de toxicité aigüe sur souris. Cependant, ce bio-essai présente de très nombreux inconvénients, notamment éthiques et méthodologiques. C’est pourquoi une suite de bio-essais miniaturisés a été développée en utilisant trois types de tests : cytotoxicité sur cellules KB, la toxicité aguë sur larves de diptères, et activités antibactériennes sur bactéries marines. Ces tests ont dans un premier temps été adaptés à des protocoles de routine, puis leur périmètre de détection a été évalué à différents niveaux de complexité de la matrice : toxine lipophile pure connue ou émergente, extrait brut de micro-algue ou de micromycète producteur de toxine, et matrices de bivalves dopées par des toxines. Les trois tests se sont révélés être complémentaires dans leurs champs de détection, et une démarche pour leur mise en place a pu été proposée. Une douzaine de souches de microalgues et 24 souches de micromycètes ont été cultivées et testées avec la suite de bio-essais. Pour certaines souches de micro-algues et de micromycètes de nouveaux composés ont pu être mis en évidence. En s’appuyant sur des techniques de spectrométrie de masse haute résolution, des exercices de déréplication ont été entrepris pour deux organismes en particulier : le dinoflagellé Vulcanodinium rugosum et le micromycète Beauveria brongniartii. La procédure développée a été validée pour la matrice coquillage et pourra de ce fait être utilisé dans le cadre de recherche de composés toxiques dans cette matrice, notamment dans les dispositifs nationaux de vigilance alimentaire.