Le polder conchylicole de Bouin (Vendée) est le principal bassin français de production de naissains d’huîtres creuses issus d’écloseries. Depuis 2007, et malgré l’installation de dispositifs de traitement de l’eau, des anomalies dans les élevages voire des mortalités affectent la production des écloseries et nurseries du secteur, ainsi que celle de microalgues en grand volume d'une entreprise spécialisée. Les observations des professionnels orientent la recherche de la cause de ces mortalités sur les contaminants chimiques, notamment les pesticides utilisés par l'agriculture, dont les exploitations du polder agricole, qui jouxtent le polder conchylicole. Comme l'ont montré de nombreux travaux, certains de ces produits altèrent la qualité de l’eau de mer nécessaire aux élevages des huîtres, notamment en écloserie et nurserie. Afin d’apprécier l’évolution de la qualité de l’eau du polder, ce rapport centralise les publications et analyses d’eau (marine, douce, saumâtre, salée souterraine) ainsi que des observations faites depuis plusieurs années dans les élevages. En plus de l’activité agricole voisine au polder conchylicole, l’analyse des documents existants et des pratiques actuelles de gestion de l’eau alimentant le polder ont permis d’identifier deux autres causes possibles d’une dégradation de la qualité de l’eau. En effet, le polder est un exutoire pour certains étiers traversant des zones de maraîchage et des zones périurbaines présentes sur le bassin versant de la Baie de Bourgneuf. Par ailleurs, cette dernière est également soumise à l’influence du panache de la Loire (dans certaines conditions) qui peut être une source de contaminants chimiques. Ces informations devraient permettre de cibler au mieux les causes de ces anomalies dans les élevages, et de déterminer le bien-fondé et les composantes d’un suivi de la qualité de l’eau. Dans cette optique, les élevages conchylicoles et la production de microalgues seraient un indicateur de l’état écologique du polder.