L’environnement marin est un système dynamique soumis à une forte variabilité d’origines naturelle et anthropique. Les pressions d’origine anthropique sont diverses (surexploitations des ressources vivantes, rejets de contaminants, aménagements, changements globaux) et ont fortement augmenté aux cours des dernières décennies, générant des évolutions importantes dans les écosystèmes marins et dans les usages qui en dépendent, en particulier en zone côtière. L’amélioration du bon état écologique et des services rendus par les écosystèmes marins pose des questions complexes en termes de fonctionnalité et de biodiversité, de durabilité de l’exploitation des ressources vivantes, des politiques publiques et des interactions entre usages. Ces questions entrent dans le cadre des missions de l’Ifremer, qui sont de connaître, évaluer et mettre en valeur les ressources des océans et permettre leur exploitation durable ainsi que de favoriser le développement socio-économique du monde maritime, en particulier les secteurs de la pêche et de l’aquaculture. Dans le cadre d’un continuum recherche/surveillance/expertise, et d’une approche pluridisciplinaire, l’unité cherche à développer des connaissances concernant les interactions entre agents infectieux, hôtes et environnement chez les mollusques marins et des cycles de contamination. Dans le domaine de la recherche, les activités de l’unité sont déclinées selon quatre axes structurants : (1) la microbiologie sanitaire et les voies de transfert des agents pathogènes humains dans l’environnement côtier, (2) l’étude des maladies affectant les mollusques marins, (3) la connaissance des génomes, la domestication et l’amélioration des bivalves, (4) la décontamination, la désinfection et la purification des coquillages. Un second volet d’activités est développé en lien direct avec ces quatre axes de recherche. Il réunit les aspects stratégiques et de mise en oeuvre de la surveillance en matière de microbiologie sanitaire et de santé animale, des études prospectives ciblées ainsi que le développement et le transfert de méthodes de détection dans un contexte réglementaire et un appui à la politique publique. Ce volet intègre également l’expertise dans les domaines de la microbiologie sanitaire et de santé animale en milieu marin. Il correspond aux activités développées par l’unité dans le cadre de ses missions de laboratoires de référence (LNR microbiologie des coquillages, LNR et LRUE maladies des mollusques marins).