Cette nouvelle version remanie et s'inspire du document de référence d'origine dont certains paragraphes sont repris intégralement. Elle précise les méthodes appliquées dans le cadre du REPHY. Des précisions au sujet du matériel, de la métrologie et des consignes de sécurité sont ajoutées, ainsi que des informations concernant les limites pour les identifications. Le texte en bleu matérialise les ajouts ou modifications par rapport au document d'origine. Ce manuel vise à décrire les protocoles usuellement appliqués par les équipes de l'Ifremer dans le cadre du Réseau d'observation et de surveillance du Phytoplancton et des Phycotoxines (REPHY), pour l'estimation de l'abondance et de la composition taxinomique du phytoplancton marin, en nombre de cellule par litre, dans un échantillon d'eau fixée au lugol, à l'aide d'un microscope inversé et de chambres de sédimentation. Les résultats de ces analyses attendus dans le cadre des objectifs du REPHY cités en introduction sont bancarisés dans la base de données Quadrige. Les protocoles appliqués s'inspirent des lignes directrices de la norme NF EN 15204 fondée sur la technique de sédimentation classique telle que définie par Utermöhl en 1958. La méthodologie décrite dans ce document n'interdit pas l'application d'autres recommandations inscrites dans la norme NF EN 15204. Ce manuel ne concerne pas : la collecte d'échantillon sur le terrain, l'analyse du picoplancton, l'analyse quantitative d'amas flottant de cyanobactéries, ni l'estimation de biovolume. Les recommandations inscrites dans ce manuel visent à optimiser la durée d'une analyse tout en conservant un bon niveau de qualité du résultat. L'incertitude qualitative relative à l'erreur d'identification est réduite au maximum en n'identifiant pas un taxon à un niveau de précision supérieur à celui maîtrisé par l'analyste, ou en sollicitant l'avis d'un expert cité dans ce document. Toutefois, distinguer certaines espèces pose d'énormes difficultés. Afin de conserver un maximum d'information sur la morphologie caractéristique de l'objet algal observé, dans certains cas, il est conseillé de saisir le résultat sur un nom d'espèce qui représente le groupe ou complexe de cette espèce (voir exemples en ANNEXE III). L'incertitude quantitative concerne le résultat de dénombrement de chaque taxon et est évaluée, selon l'0), en fonction du nombre de cellules observées. Les éléments nécessaires à l'évaluation de l'incertitude sont tracés et conservés par le laboratoire analyste. La validation des résultats repose sur le système qualité du laboratoire incluant la traçabilité, la métrologie, la participation à des essais d'inter-comparaisons intra et inter laboratoires.