Les mortalités d'huîtres observées sur les côtes françaises apparaissent principalement à proximité du sédiment et pendant la gamétogenèse. Les interactions de facteurs environnementaux sur les écosystèmes conchylicoles comme la température, les apports des bassins versants et le compartiment sédimentaire illustrent un risque de mortalité lié à différentes sources de stress (Thème 1). Les variations de la qualité de la ressource trophique pendant l'effort de gamétogenèse favorise une baisse de l'énergie disponible (Thème 2) et contraint l'organisme fragilisé à fournir un effort d'adaptation (Fent 2004). L'apparition d'un stress pendant cette période sensible des huîtres pourrait constituer un facteur aggravant de mortalité. L'objectif de cette étude est donc d'étudier l'apparition d'un stress environnemental dans la période qui précède les mortalités et de relier ce stress à la présence de substances chimiques dans le sédiment (ammonium et sulfures) et I'eau (herbicides).