Le LER/MPL joue un rôle important dans la mise en œuvre des réseaux côtiers d’observation et de surveillance des écosystèmes marins et de la ressource de la Bretagne sud et des Pays de Loire sur les trois départements (Morbihan -56-, Pays de Loire -44- et Nord Vendée -85-). Cet écosystème anthropisé et productif (zones de production de Mytilus edulis, Crassostrea gigas, Ostrea edulis, Pecten maximus), sous l’influence des deux grands fleuves, la Loire et la Vilaine constitue la zone littorale la plus à risque vis-à-vis de l’eutrophisation au niveau de la côte Atlantique. Les réseaux permettent l’acquisition et la qualification de nombreuses données qui sont utilisées pour répondre aux avis et expertises réalisés en appui aux politiques publiques notamment pour l’aide à la gestion intégrée de cette vaste zone côtière et à la reconquête de la qualité de ses eaux. Le LER/MPL a en charge la coordination de la DCE Loire Bretagne et l’évolution de l’état écologique des 69 masses d’eau de transition et côtière de la Baie du Mont Saint Michel à la Charente. Il assure également, depuis 2009, la coordination nationale du réseau conchylicole RESCO qui vise à suivre l’évolution des traits de vie (croissance, mortalités, maturation….) des huîtres creuses, Crassostrea gigas, dans différents environnements d’élevage. L’ensemble des informations recueillies alimente les projets de recherche sur les thèmes de l’eutrophisation et ses conséquences sur les espèces exploitées qui sont menés en collaboration avec les laboratoires Ifremer (DYNECO, SG2M, PFOM, BE, RDT, LERN) et les universités (Brest, Bretagne Sud, Rennes et Nantes).