L’objectif de ce travail est d’identifier les contraintes économiques à prendre en compte pour encourager l’investissement (public et privé) dans la restauration des écosystèmes aquatiques à partir du prisme de l’économie néo-institutionnelle. Au cours de ce travail nous avons mobilisé des matériaux et des méthodes variés qui nous ont permis d’identifier trois types de contraintes : des contraintes de coûts, des contraintes organisationnelles et des contraintes institutionnelles. La réalisation d’un diagnostic collectif et d’un état de l’art sur les actions de restauration à partir de différentes sources nous a permis d’observer la grande diversité des projets d’investissements dans les écosystèmes aquatiques. Nos résultats montrent que ces projets sont exposés à une grande variabilité de coûts de production dans laquelle certains attributs jouent un rôle clé: le type d’écosystème ciblé, le contexte institutionnel, le degré de perturbation initial, l’ampleur des travaux à réaliser, le climat et la taille des projets. La mobilisation du cadre de l’économie néo-institutionnelle nous a conduit à nous intéresser aux coûts de transaction qui entourent les actions d’investissement dans la restauration des écosystèmes aquatiques. Ces coûts sont liés à l’existence de dispositifs de coordination particuliers entre acteurs du fait de la complexité des dynamiques de la biodiversité. Trois caractéristiques des projets sont à l’origine des coûts de transaction : la spécificité des actifs, l’incertitude et la fréquence des transactions. Notre étude du marché de la compensation des zones humides aux États-Unis montre le lien qui existe entre source des coûts de transaction et efficacité organisationnelle du système. En effet, l’émergence du système des banques de compensation a permis la concentration des actions de restauration qui se traduit par : (1) une baisse de l’incertitude et une augmentation de l’efficacité environnementale des projets ; (2) une augmentation de la fréquence des transactions et une baisse des coûts de transaction pour l’administration. Ces éléments ont contribué à augmenter les incitations à l’investissement. Cependant cette analyse montre aussi qu’il existe une tension entre un objectif de conservation exigeant et un objectif d’incitation à l’investissement dans la restauration des écosystèmes aquatiques. A partir de l’étude de quatre projets de restauration en France, nous nous sommes intéressés plus en détail aux dispositifs de coordination des acteurs. Ces projets sont caractérisés par des formes organisationnelles hybrides originales qui offrent des avantages en termes de coûts de transaction par rapport au marché ou à l’entreprise. Cette analyse souligne aussi le besoin d’adéquation entre l’environnement institutionnel dans lequel a lieu le projet d’investissement et les outils d’évaluation utilisés pour améliorer la négociation des objectifs de chaque projet et de leur mise en oeuvre.