Dans le cadre de la mise en oeuvre de la DCE sur les lagunes méditerranéennes, des travaux ont été menés depuis 2010 par Ifremer, la Tour du Valat et l’IRSTEA (financements Onema et AERM&C), visant à évaluer la pertinence des indicateurs macrophytes et macrofaune pour les lagunes oligohalines et mésohalines (salinité moyenne < 18 PSU). La question de la pertinence des métriques et seuils de l’indicateur de l’élément de qualité biologique « phytoplancton » de pose également, en particulier du fait du caractère particulièrement confiné des lagunes oligo-mésohalines. L’objectif de cette étude est de caractériser l’abondance et la composition phytoplanctonique de 5 lagunes oligo et mésohalines de la façade méditerranéenne française (Scamandre, Crey, Charnier, Bolmon et Grand-Palun). Les analyses des pigments accessoires (chlorophylliens et xanthophylles) mettent en évidence des profils de composition phytoplanctonique distincts en rapport avec les niveaux de biomasse phytoplanctonique totale observés dans les cinq lagunes. La lagune de la Grande Palun, caractérisée par une biomasse phytoplanctonique modérée, présente une diversité pigmentaire forte, avec une contribution similaire des différents groupes phytoplanctoniques identifiés. Les lagunes du complexe Scamandre-Crey-Charnier, caractérisées par des biomasses phytoplanctoniques fortes et la dominance du nanophytoplancton (Scamandre et Crey) ou du picophytoplancton (Charnier), présentent majoritairement des espèces de la lignée brune et des cyanobactéries. Enfin, la lagune de Bolmon, caractérisée par une très forte biomasse phytoplanctonique et la dominance du picophytoplancton, se distinguer par l’importance des espèces de la lignée verte (Chlorophytes et Prasinophytes) et la présence possible de cyanobactéries. Les grilles actuelles du phytoplancton et de la physico-chimie de l’eau ont été développées et consolidées sur un jeu de données de lagunes poly-euhalines. Les seuils demandent à être consolidés pour l’ensemble des lagunes oligo-mésohalines, en prenant en compte les particularités hydromorphologiques et les pressions pesant sur ces écosystèmes (confinement, faible profondeur, fort stock sédimentaire, apports continus par des canaux,…).

In the context of WFD implementation on Mediterranean lagoons, work has been carried out since 2010 by Ifremer, Tour du Valat and IRSTEA (Onema and AERM & C fundings), to assess the relevance of macrophytes and macrofauna indicators for oligohaline and mesohaline lagoons (mean salinity <18 PSU). The question of the relevance of indicator metrics and thresholds for the "phytoplankton" biological quality element also arises, especially due to the confined nature of olgo-mesohaline lagoons. The objective of this study is to characterize the abundance and composition of phytoplankton on 5 oligo and mesohaline lagoons of the French Mediterranean coast (Scamandre, Crey, Charnier, Bolmon and Grand Palun). Analyses of accessory pigments (chlorophyll and xanthophylls) performed for the five lagoons, highlight different phytoplankton composition profiles, related to total phytoplankton biomass levels. Grand-Palun lagoon, characterized by moderate phytoplankton biomass, has a high pigment diversity, with a similar contribution of the different phytoplankton groups. The lagoons of the Scamandre-Crey-Charnier complex, characterized by high phytoplankton biomass and dominance of nanophytoplankton (Scamander and Crey) or picophytoplankton (Charnier), predominantly present species of brown line and cyanobacteria. Finally, Bolmon lagoon, characterized by a very high phytoplankton biomass and dominance of picophytoplankton, is distinguished by the importance of species of the green line (Chlorophyta and Prasinophytes) and the possible presence of cyanobacteria. The current grids for phytoplankton or water physico-chemical quality have been developed and consolidated on a data set of poly-euhaline lagoons. The thresholds have to be consolidated for all oligo-mesohaline lagoons, taking into account the hydromorphological particularities and pressures on these ecosystems (confinement, sedimentary stock, continuous input through channels,…).