Cette étude s’inscrit dans le cadre du projet TOPHYPAC (2011-2014) financé par le programme “Pesticides” du Ministère de l’Écologie, du Développement durable et de l’Énergie. Ce travail vise à décrire les variations saisonnières des abondances de phytoplancton en lien avec l'environnement physique et chimique (nutriments et métaux) de l'estuaire de la Charente de 2011 à 2014. À partir des données d'abondances de groupes phytoplanctoniques déterminés par microscopie et par cytométrie de flux, les contributions relatives des variables environnementales sur la dynamique du phytoplancton ont été évaluées : dans ce but, une analyse PLS multibloc a été réalisée. Celle-ci souligne une contribution importante de l'environnement physique (température, salinité et rayonnement photosynthétiquement actif (PAR)) sur l'abondance globale du phytoplancton. Les données de température et de salinité haute fréquence enregistrées ont permis de distinguer deux périodes hydroclimatiques : la première (2011 et début 2012) correspondant à des masses d’eau plus chaudes et plus salées que la seconde (du printemps 2012 au début de 2014). Dans ce contexte hydroclimatique, les variations saisonnières inter-annuelles des groupes de phytoplancton et des nutriments et oligo-éléments ont été analysées grâce à des analyses triadiques partielles. On note que l'occurrence des picoeucaryotes apparaît différemment entre l'année 2011 et les années 2012 et 2013 (comme pour la silice, le cadmium et le nickel). Les occurrences d'autres groupes phytoplanctoniques montrent quant à elles des différences entre l'année 2013 et les années 2011 et 2012, à l'image du cuivre et des phosphates. Le décalage entre les périodes hydroclimatiques et la réponse des principaux groupes phytoplanctoniques étudiés suggère que leur développement et leur succession pourraient dépendre des conditions environnementales du début de l'année (période hivernale). Enfin, les relations des groupes de phytoplancton avec certains nutriments et métaux (mises en évidence par la méthode STATICO) révèlent que les concentrations en phosphate et en cuivre peuvent contribuer à la structuration des communautés de phytoplancton dans l'estuaire de la Charente.