L'élément de qualité phytoplancton doit être évalué dans le cadre de la Directive Cadre sur L’Eau grâce à trois indices : biomasse, abondance et composition. Les deux premiers indices, biomasse et abondance, ont déjà été définis. L’indice composition a quant à lui fait l'objet d'une proposition précise en Méditerranée, mais pas en Manche - Atlantique. Les travaux antérieurs montrent que la construction d'un indice de composition doit tenir compte de la diversité de l'ensemble du phytoplancton. Or, les comptages microscopiques ne concernent en général que le micro-phytoplancton. Il est donc nécessaire de prendre en compte des informations supplémentaires qui tiennent compte du nano- et du picophytoplancton, dont l'importance dans la diversité du phytoplancton est cruciale. Afin d'appréhender la diversité du phytoplancton dans toutes ses composantes, il est donc proposé de ne pas se limiter au microphytoplancton, mais de considérer également les autres composants du phytoplancton, tels que le nano- et le pico-phytoplancton. Ceux-ci peuvent être mesurés par différentes techniques, qui sont complémentaires : cytométrie en flux traditionnelle ou cytométrie en flux permettant d’enregistrer le profil optique de chaque particule, analyse des pigments par HPLC, fluorescence spectrale, FlowCAM / PhytoImage, biodiversité génétique. Par ailleurs, pour prendre en compte la dynamique du compartiment phytoplanctonique dans l’ensemble des eaux marines (en vue de définir les indicateurs pour la Directive Cadre Stratégie Milieu Marin (DCSMM), des mesures à haute résolution deviennent indispensables et possibles grâce au développement de nouveaux capteurs et systèmes d’analyse des résultats. Les différentes actions du présent livrable ont été principalement réalisées en collaboration entre l’UMR LOG de Wimereux et le laboratoire IFREMER LER/Boulogne avec participation des laboratoires DYNECO/PELAGOS, DYNECO/VIGIES d’IFREMER, du LISIC-ULCO de Calais et les partenaires du projet DYMAPHY. Plus particulièrement, il s’agissait de comparer des résultats obtenus à partir de différentes techniques innovantes, dont la cytométrie en flux de type scanning et la fluorimétrie spectrale. Pour ce faire, l’analyse des premières comparaisons de mesures réalisées dans le cadre du projet INTERREG IVA « 2 Mers » DYMAPHY à la fois lors de campagnes communes et au niveau des sites d’observation et de surveillance en Manche Orientale seront présentées. Les données disponibles impliquant également, comme référence, des comptages microscopiques et des analyses pigmentaires seront également analysées en tant que référence (méthodes traditionnelles pour le suivi du phytoplancton). Le suivi combiné de la distribution spatiale phytoplanctonique à haute résolution (kilométrique ou sub-kilométrique) au cours de campagnes océanographiques internationales ou au cours de campagnes d’observation régulières réalisées à haute résolution temporelle (hebdomadaire et parfois journalière) a permis de mettre en évidence, par des techniques complémentaires aux comptages microscopiques, de la complexité des proliférations/accumulation, des changements de dominance d’un groupe phytoplanctonique à un autre, répondant à des changements des conditions du milieu et d’avancée de la saison. Les analyses pigmentaires ont permis de compléter les données de référence auxquelles les techniques semi-automatisées telles que la cytométrie en flux de type scanning (CytoSense) et la fluorimétrie spectrale ont pu être comparées. Ces techniques, de par la possibilité de les utiliser à haute résolution, permettent de mieux appréhender la diversité du phytoplancton et devraient donc permettre non seulement de construire un indice de composition pour la DCE, mais également d'apporter des informations cruciales, qui pourraient être utilisées pour estimer le bon état écologique des eaux marines du point de vue du phytoplancton dans le cadre de la DCSMM.