Afin d'appréhender la diversité du phytoplancton dans toutes ses composantes, on ne peut plus se limiter au seul micro-phytoplancton, il est indispensable de considérer le nano et le pico-phytoplancton. Pour l’étude de la biodiversité des communautés phytoplanctoniques, deux types d’approches alternatives et complémentaires à l’approche morphologique classique obtenue par microscope optique ont été utilisés : diversité pigmentaire et diversité génétique par approche de metabarcoding. Le point REPHY (047-P-016 Concarneau Large) situé en baie de Concarneau a été échantillonné pendant la période la plus importante de développement du phytoplancton (mars- juillet 2012) avec une fréquence bihebdomadaire. Les résultats obtenus par les méthodes d’analyses pigmentaires et de metabarcoding montrent une bonne résolution de la biodiversité phytoplanctonique, pouvant représenter au niveau des groupes ou familles (diversité pigmentaires) ou au niveau des espèces ou des clades génétiques (metabarcoding) toutes les classe de taille du phytoplancton y compris celles du pico (<3μm) ou du nano (3-20 μm), qui normalement ne sont pas prise en compte dans les analyses morphologiques de microscopie optique. La structure de taille du phytoplancton est clairement contrôlée par la richesse en nutriments des eaux, les formes pico et nanophytoplanctoniques dominent dès que les sels nutritifs deviennent limitants. L’approche metabarcoding a permis d’identifier des groupes de protistes typiques du micro, nano et picoplancton, et la diversité des OTUs évolue dans le temps de façon différente pour les trois classes de taille. Les séquences du pico et nanophytoplancton ensemble représentent dans la plupart des cas plus du 50% du nombre total d’OTUs identifiées, pouvant être ainsi dominantes dans la communauté phytoplanctonique de la Baie de Concarneau

Studies on phytoplankton community diversity cannot be limited microphytoplankton (cells>20 ìm), it is indeed necessary to take into account also the nano (3-20ìm) picophytoplankton (<3 ìm) components. In the frame of this work aimed at studying temporal phytoplankton community diversity two complementary methodologies of phytoplankton sample analysis, pigment and genetic (metarbarcoding) diversity, have been used as alternative to routine morphological analysis carried out at light microscopy. The REPHY station (047-P-016 Concarneau Large) off-shore the Concarneau Bay has been sampled during the annual highest phytoplankton production (March-July 2012) with a frequent sample interval strategy (twice per week). Results obtained by both pigment and metabarcoding analyses showed a good resolution of all phytoplancton size classes (micro-, nano-, picophytoplankton) diversity, from a groups/class level (pigments) to a species/genetic clades taxonomic resolution (metabarcoding). Size class dynamics of phytoplankton communities is clearly controlled by the high nutrient concentrations measured during the study period, with pico-nano phytoplankton dominating in periods of nutrient depletion. The metabarcoding approach allowed the identification of protistan groups characteristic of all size classes and showed that diversity of each compartments evolve independently. Sequences of piconanophytoplankton together represent in most of the samples at more than the 50% of total identified OTUs (Operational Taxonomic Units), suggesting that pico- and nanophytoplakton communities are dominant compartments of the phytoplankton of the Concarneau Bay.