Mise en œuvre opérationnelle de l’outil FlowCAM / ZooPhytoImage dans le cadre de la surveillance REPHY. Action 9 - FlowCAM / ZooPhytoImage - Livrable 2. Rapport final, mars 2015.

Autre(s) titre(s) Operational implementation of the tool FlowCAM / ZooPhytoImage in the context of the French phytoplankton monitoring network REPHY
Type Rapport de contrat
Date 2015-03
Langue(s) Français
Auteur(s) Neaud-Masson Nadine1, Lefebvre AlainORCID1, Belin CatherineORCID1, Soudant DominiqueORCID1
Contributeur(s) Wacquet Guillaume, Huguet Antoine, Grosjean Philippe
Editeur Ifremer
Note Convention Ifremer / Onema 2014.
Mot-Clé(s) FlowCAM, ZooPhytoImage, REPHY, observation phytoplancton, set d’apprentissage, littoral français.
Résumé Ce livrable contient tous les travaux qui ont été effectués en 2014 pour que l’outil FlowCAM / ZooPhytoImage devienne effectivement un outil opérationnel utilisable dans le cadre du REPHY, et à ce titre, puisse fournir des résultats alimentant les évaluations de l’indicateur phytoplancton dans le cadre de la DCE. Ce livrable est complémentaire du livrable 1, fourni pour cette même action, et intitulé : « Version évolutive de l’outil opérationnel de numérisation et d’analyse semi-automatique d’images de phytoplancton, utilisant le matériel FlowCAM et le logiciel ZooPhytoImage. Nouvelles perspectives » Le présent livrable comporte cinq parties dont le contenu est résumé ci-dessous. 1. Travaux réalisés pour la mise en oeuvre opérationnelle en 2014 dans le cadre du REPHY. Il s’agit de tâches touchant soit aux opérations de numérisation des images de phytoplancton par le FlowCAM, soit à l’utilisation du logiciel ZooPhytoImage. 2. Test de l’opérationnalité de l’outil dans un contexte plus large de campagne à la mer. Le système a été déployé lors de la campagne CAMANOC 2014 en Manche. Les résultats permettront de contribuer à l’amélioration des connaissances sur le compartiment phytoplancton à une autre échelle spatiale. 3. Procédure de numérisation revue et adaptée au FlowCAM de Nantes. Compte tenu du fait que les trois FlowCAMs ne sont pas tous du même modèle, la procédure de numérisation des échantillons initialement mise au point à Arcachon, a nécessité une adaptation, en particulier pour ce qui concerne l'environnement informatique, le système de mise au point automatique, et le matériel. 4. Rapport sur l'évaluation d'un outil de reconnaissance commun Manche- Atlantique 4X. Fusion des sets d'apprentissage construits sur trois sites (Arcachon, Boulogne sur Mer et Nantes). Les nouvelles techniques de correction d'erreur ajoutées à la nouvelle interface utilisateur du logiciel ZooPhytoImage ont permis l'évaluation d'un outil de reconnaissance issu d'un set d'apprentissage regroupant des images d'échantillons numérisés par différents FlowCAM et provenant des deux façades maritimes de la Manche et de l'Atlantique. Un tel outil global est envisagé dans le cadre de l'évolution du logiciel vers un apprentissage actif et un training set adaptatif avec élimination progressive des vignettes du set d'apprentissage global au fur et à mesure que des données locales viennent compléter le set. 5. Bancarisation dans Quadrige² des données provenant du traitement par ZooPhytoImage des images de phytoplancton numérisées par le FlowCAM : avancement de la réflexion. Entre septembre 2014 et janvier 2015, plusieurs réunions ont permis de travailler sur les premières spécifications, d’estimer les formats et les volumes nécessaires à la bancarisation, d’esquisser un premier schéma d’organisation, et de réfléchir aux méthodes d’agrégation possibles des nombreuses données qui seront disponibles en supplément, et qui doivent être structurées pour rentrer dans Q². Par ailleurs l’interface entre le ficher de sortie de ZooPhytoImage et Quadrilabo (fichier permettant une intégration directe dans Q² sans passer par l’interface classique de saisie), a été étudiée par Mons (décrite dans le livrable 1).
Keyword(s) FlowCAM, ZooPhytoImage, REPHY, phytoplankton observation, training set, French coast.
Résumé en anglais This deliverable contains the work that was carried out in 2014 for the FlowCAM / ZooPhytoImage tool actually becomes a usable operational tool in the REPHY, and as such, can provide results supplying the assessments of WFD phytoplankton indicator. This deliverable is complementary to the deliverable 1, provided for the same action, entitled « Evolutive version of the operational tool for digitization and semi-automated analysis of phytoplankton images, using the FlowCAM device and the Zoo/PhytoImage software. New perspectives » This deliverable has five parts whose content is summarized below.
1. Work done for operational implementation in 2014 under the REPHY. These tasks affect either the scanning operations of the phytoplankton images by FlowCAM, or the using of ZooPhytoImage software.
2. Test the operational capability of the tool in a broader context of campaign to the sea. The system was deployed during the campaign CAMANOC 2014 in Channel. The results will contribute to the improvement of knowledge on phytoplankton compartment to another spatial scale.
3. Scanning Procedure reviewed and adapted to Nantes FlowCAM. Given the fact that the three FlowCAMs are not of the same model, the scanning procedure of the samples, initially developed in Arcachon, required an adjustment, in particular with regard to the computer environment, the formatting system auto focus, and equipment.
4. Report on the evaluation of a common recognition tool Channel-Atlantic 4X. Fusion of training sets built on three sites (Arcachon, Boulogne sur Mer and Nantes). The new error correction techniques added to the new ZooPhytoImage software user interface allowed the evaluation of a recognition tool from a training set consisting of sample images scanned by different FlowCAM, and from both coastlines of the Channel and the Atlantic. Such a comprehensive tool is considered in the context of the evolution of software to active learning and adaptive training set
5. Banking in Quadrige² data from the treatment by ZooPhytoImage of phytoplankton images scanned by the FlowCAM : work progress. Between September 2014 and January 2015, several meetings allowed to work on the first specifications, to estimate the sizes and volumes required for banking, to sketch a first pattern of organization, and to think on the possible aggregation methods of many data which will be available in supplement, that should be structured to fit into Q². Furthermore the interface between the ZooPhytoImage output file and Quadrilabo (file for direct integration into Q² bypassing the classic interface entry), was studied by Mons (described in deliverable 1).
Texte intégral
Fichier Pages Taille Accès
Version officielle éditeur 136 6 MB Libre accès
Haut de la page

Comment citer 

Neaud-Masson Nadine, Lefebvre Alain, Belin Catherine, Soudant Dominique (2015). Mise en œuvre opérationnelle de l’outil FlowCAM / ZooPhytoImage dans le cadre de la surveillance REPHY. Action 9 - FlowCAM / ZooPhytoImage - Livrable 2. Rapport final, mars 2015. https://archimer.ifremer.fr/doc/00361/47262/