Depuis 1992, une surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français est assurée par le réseau de Pathologie des Mollusques (Repamo). Ses activités s’inscrivent dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Depuis son évaluation par la plateforme nationale d’épidémiosurveillance en santé animale en 2012, l’objectif de surveillance est la détection précoce des infections dues à des organismes pathogènes exotiques et émergents affectant les mollusques marins sauvages et d’élevage.
L’année 2016 est la deuxième année de transition pour laquelle une évolution des modalités de surveillance de la santé des mollusques marins animées par l’Ifremer a été amorcée. Un dispositif hybride de surveillance a été mis en place en 2015, s’appuyant sur l’existant et intégrant des débuts d’évolution. La surveillance événementielle a constitué l’activité principale du dispositif en 2016 et s’est appuyée sur des réseaux existants :
(1) la surveillance des mortalités observées sur des animaux sentinelles déployés sur les sites ateliers des réseaux Ifremer RESCO 2 (12 sites) pour l’huître creuse Crassostrea gigas et MYTILOBS 2 (9 sites) pour la moule bleue Mytilus edulis. Pour l’huître creuse Crassostrea gigas, la mortalité cumulée moyenne était de 68% (écart-type 8%) pour le naissain standardisé Ifremer (NSI), de 17% (écart-type 19%) pour les huîtres de 18 mois et de 11% (écart-type 11%) pour les huîtres de 30 mois. Les mortalités ont été observées principalement entre la fin du mois de mai et la fin du mois de juin. Lors de ces épisodes de mortalité, des prélèvements d’animaux ont été réalisés en vue d’analyses diagnostiques : dix prélèvements pour le NSI et un pour les huîtres de 18 mois. Aucun agent réglementé n’a été détecté dans les échantillons d’huîtres creuses prélevés et analysés. Le virus OsHV-1 a été détecté dans les neuf échantillons analysés de NSI. La bactérie Vibrio aestuarianus n’a été détectée dans aucun des neuf échantillons analysés de  NSI. Pour la moule bleue Mytilus sp., des mortalités cumulées variant de 21% sur le site du Vivier à 85% sur le site des Filières du Pertuis Breton ont été estimées. Les mortalités ont été observées à la période hivernale 2015-2016 et au printemps 2016. Lors de ces épisodes de mortalités, cinq prélèvements d’animaux ont été réalisés en vue d’analyses diagnostiques. Ces prélèvements ont eu lieu dans le Pertuis Breton (sites des Filières, Roulière et Aiguillon), la Baie de Bourgneuf (site de Maison Blanche) et la côte ouest du Cotentin (site d’Agon). Aucun agent réglementé n’a été détecté dans les échantillons de moules prélevés et analysés. Des bactéries du groupe Splendidus ont été détectées dans les cinq échantillons de moules analysés.
(2) la surveillance s’appuyant sur les déclarations de mortalités de mollusques par les conchyliculteurs et pêcheurs à pied professionnels auprès des Directions départementales des territoires et de la mer (DDTM). Cette modalité, appelée REPAMO 2, s’applique aux huîtres creuses et aux moules bleues lorsqu’il n’existe pas de site atelier RESCO 2 ou MYTILOBS 2 dans la zone où des mortalités sont déclarées par les conchyliculteurs ou pêcheurs à pied. Dans le cadre de REPAMO 2 17 interventions ont été réalisées, dont 10 pour les moules bleues Mytilus sp. , quatre pour les huîtres creuses Crassostrea gigas, une pour les moules Mytilus galloprovincialis en Méditerrannée, une pour les coques Cerastoderma edule et une pour les pétoncles noirs Mimachlamys varia. La recherche d’agents infectieux dans ces espèces de mollusques prélevés lors de hausse de mortalité a permis de mettre en évidence le parasite réglementé Marteillia refringens dans le lot de moules méditerranéennes, ainsi que le virus OsHV-1 dans trois lots de naissains d’huîtres creuses, la bactérie Vibrio aestuarianus dans un lot de moules bleues, et des bactéries du groupe Splendidus dans tous les lots analysés à l’exception du lot de coques. L’année 2016 a également permis de poursuivre un exercice de surveillance programmée, ciblée et fondée sur les risques d’introduction et d’installation d’un organisme pathogène exotique sur un site atelier. Elle a concerné Mikrocytos mackini, parasite de l’huître creuse Crassostrea gigas, sur un site atelier de la Charente-Maritime, suivi par le réseau RESCO 2. Le parasite Mikrocytos mackini n’a pas été détecté. En revanche, un parasite du genre Marteilia a été détecté dans ¾ des prélèvements d’huîtres réalisés. En 2016, la démarche relative aux développements méthodologiques en lien avec la surveillance événementielle des mortalités de mollusques marins a été poursuivie. Une modalité de signalement des mortalités de coquillages par SMS, complétée par la recherche prospective de regroupements spatio-temporels de signalements de mortalités d’huîtres creuses a été expérimentée en Normandie, en collaboration avec tous les acteurs locaux de la santé des mollusques marins. Cette modalité de signalement est plus réactive que la déclaration de mortalité auprès de la DDTM existante, en particulier pour les moules. Dans le contexte des missions du LNR pour les maladies des mollusques marins, une démarche visant à développer une approche diagnostique en bactériologie par MALDI-TOF a été initiée afin de détecter des bactéries marines d’intérêt en pathologie des mollusques marins.