Ce rapport en deux tomes détaille les résultats de l’évaluation, avec les règles de la DCE (Directive Cadre sur l’Eau), de l’élément de qualité phytoplancton dans les masses d’eau de la France métropolitaine. Cette évaluation est réalisée à partir des données acquises sur la période 2007-2012. Ce rapport contient également un état des lieux des grilles d’évaluation de l’indicateur phytoplancton qui sont applicables en 2014 pour les eaux littorales, et replace cette évaluation dans son contexte réglementaire, en rappelant les exigences de la DCE pour l’élément de qualité phytoplancton, et en donnant des informations sur l’avancement des travaux d’inter-calibration et l’état des décisions au niveau européen. Enfin il fait le point sur l’avancement des travaux sur les grilles à appliquer aux masses d’eau de transition, sur les sites de référence, et sur les études pour décrire un indice de composition.

Le tome 2 présente chaque masse d'eau sous la forme d'une fiche détaillant les éléments de calcul des indices et de l'indicateur phytoplancton. Chacune des fiches est accompagnée d'élements d'expertise. Les fiches sont présentées par région dans l’ordre géographique nord-sud pour la Manche et l'Atlantique, ouest-est pour la Méditerranée.