Ces travaux s’inscrivent dans la continuité de la phase VI du programme Piren-Seine (suivis de contamination et d’impacts écotoxicologiques sur l’axe Seine) et s’appuient sur des acquis d’études menées dans la partie aval du bassin de la Seine (GIPSA). Ils visent à évaluer les effets d’une exposition chronique et multiple aux contaminants chimiques et microbiologiques (gènes de résistances aux antibiotiques, intégrons cliniques) sur les communautés microbiennes de biofilms (premier niveau du réseau trophique), et de la couche superficielle des sédiments. L’étude du résistome des biofilms et des sédiments est utilisée pour évaluer l’adaptation des communautés bactériennes, comme un indicateur de vulnérabilité / ou de résilience du milieu, à la contamination chimique ou microbiologique. Cette étude s’est intéressée à deux facteurs d’enrichissement du résistome (i) l’acquisition de gène de résistance aux métaux qui explique la tolérance des communautés bactériennes à l’échelle cellulaire (ii) à la présence des intégrons cliniques due à la contamination du milieux par des bactéries antibiorésistantes. Les résultats obtenus montrent un enrichissement du patrimoine génétique des bactéries en gènes de résistances aux métaux traces cusA et czcA, dans les communautés microbiennes présentes dans les biofilms ou les sédiments en fonction du gradient d’anthropisation ou d’urbanisation, le long du transect amont-aval de l’Orge ou en Seine (transect Marnay-Bougival-Triel). Ce résultat témoigne d’une adaptation de ces communautés bactérienne à une exposition chronique à ces métaux et confirme les résultats obtenus en laboratoire lors de la phase précédente du programme PIREN Seine. A cet enrichissement en gène de résistance aux métaux traces, s’ajoute un apport en intégrons cliniques. Dans les sédiments, l’abondance en intégrons de classe 1 reflète le niveau d’anthropisation du bassin versant, et notamment la contamination en bactéries fécales antibiorésistantes, qui reflète le degré d’urbanisation. Les biofilms des végétaux sont aussi des zones de piégeages de ces intégrons. Dans les biofilms prélevés sur les dispositifs en cagette, le long du transect Marnay-Bougival- Triel, on observe une présence permanente d’intégrons de classe 1, dont l’abondance augmente avec le degré d’anthropisation du bassin versant, les valeurs maximales étant là aussi observées dans la zone la plus urbanisée (Triel), et ce quelle que soit la saison.