L'estuaire de l'Adour, caractérisé par une taille réduite et une embouchure fortement urbanisée et industrialisée, constitue un enjeu socio-économique fort pour le département des Pyrénées-Atlantiques. Dans ce contexte, un Secrétariat Permanent à la Prévention des Pollutions Industrielles (SPPPI), chargé de veiller à la préservation de l'écosystème estuarien est créé en 1999. L'étude de la qualité de l'estuaire de l'Adour, programmée sur trois années (2001-2003) a été initiée par le Groupe "Eau" émanant de cette structure. Elle comporte trois volets indissociables confiés à trois organismes différents

- L'Université de Pau étudie plus particulièrement la contamination des sédiments de l'estuaire.
- La CQEL 64 est chargée de l'évaluation de la qualité de l'eau.
- L'étude de la contamination de l'estuaire intégrée par la matière vivante a été confiée à l'IFREMER pour ses compétences dans ce domaine, déjà mises en oeuvre dans le cadre du RNO.
Au travers des niveaux mesurés dans la matière vivante au cours de la première année, l'estuaire de l'Adour apparaît caractérisé par une forte contamination bactériologique généralisée. Localement, on y observe un impact très important des zones urbanisées assainies par des réseaux de collecte unitaires en cours de réhabilitation, présentant des taux de raccordement faibles. La contamination métallique y est plutôt modérée même si l'impact de l'activité industrielle est perceptible notamment au droit de la zone industrielle de Tarnos. Pour la contamination organique, on relève une pollution par les HAP, importante et généralisée avec des apports provenant à la fois du bassin versant amont et du bas estuaire. Le suivi mis en oeuvre en 2001 sera poursuivi en 2002 et 2003 puis pérennisé sous la fome d'un réseau reprenant plusieurs points d'échantillonnage sur lesquels seuls les contaminants très présents seront mesurés. L'évolution de la contamination par les autres molécules sera, par ailleurs, toujours établie par le Réseau National d'Observation.