L'estuaire de l'Adour, caractérisé par une taille réduite et une embouchure fortement urbanisée et industrialisée, constitue un enjeu socio-économique fort pour le département des Pyrénées Atlantiques. Dans ce contexte, un Secrétariat Permanent à la Prévention des Pollutions Industrielles (SPPPI), chargé de veiller à la préservation de l'écosystème estuarien a été créé en 1999. L'étude de la qualité de l'estuaire de l'Adour, programmée sur trois années (2001-2003) a été initiée par le Groupe "Eau" émanant de cette structure. Elle comporte trois volets indissociables confiés à trois organismes différents :
- Le Laboratoire de Chimie Analytique Bio-inorganique et Environnement de l'Université de Pau (LCABIE) a étudié plus particulièrement la contamination des sédiments de l'estuaire.
-  La Cellule Qualité des Eaux Littorales (CQEL) de la Direction Départementale de l'Equipement (DDE) de Bayonne a été chargée de l'évaluation de la qualité de l'eau.
-  L'étude de la contamination de l'estuaire intégrée par la matière vivante a été confiée à l'Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (lfremer) .
Au travers des niveaux mesurés dans la matière vivante au cours des trois années de suivi, l'estuaire de l'Adour apparaît caractérisé, en premier lieu, par une forte contamination bactériologique généralisée. Localement, on y observe un impact très important des zones urbanisées assainies par des réseaux de collecte unitaires en cours de réhabilitation, présentant des taux de raccordement faibles. Les métaux sont, le plus souvent, présents à un niveau faible ou modéré pour une zone estuarienne, à deux exceptions près, le chrome total et le cuivre, qui sont bioaccumulés en quantité importante par les mollusques (huîtres), naturellement présents dans l'estuaire marin. Le chrome en particulier, atteint un niveau que l'on peut qualifier de préoccupant avec des apports significatifs du bassin versant amont mis en évidence par le LCABIE, associés certainement à une pollution chronique et diffuse de la zone aval. Le niveau de présence élevé du cuivre correspond à une tendance nationale révélée par le RNO, sur la totalité des grands estuaires ou littoraux anthropisés. Pour les contaminants organiques, les teneurs observées sont également faibles à modérées avec le plus souvent une tendance à la diminution. La contamination par les composés organiques de l'étain, classés substances dangereuses prioritaires par la Directive Communautaire Cadre sur l'Eau demeure très élevée, en particulier dans la partie centrale et aval de l' estuaire de l' Adour, où sont recensées des sources potentielles importantes (grands navires administratifs, militaires ou de commerce, longueur > 25 rn). Le suivi préliminaire mis en oeuvre en 2001 -2003 sera vraisemblablement pérennisé sous une forme optimisée, moms lourde et moms coûteuse qm maintiendra toutefois un effort d' échantillonnage important vis à vis des paramètres dont le niveau de présence et l'évolution temporelle auront été jugés préoccupants.