Le projet DIETE a exploré les données hydrobiologiques (paramètres physico-chimiques, nutriments, phytoplancton) acquises depuis les années 80 dans les eaux côtières au large de la Loire et de la Vilaine, parallèlement à celles des deux fleuves. L’augmentation des concentrations de nitrates dans les eaux de la Loire, appuyée par les réserves sédimentaires de phosphates et de silicate ont entraîné de profonds bouleversements dans la dynamique du phytoplancton de la baie de Vilaine ces deux dernières décennies avec 1) une augmentation substantielle de la biomasse, 2) une modification importante de l’évolution saisonnière, 3) un changement dans les proportions entre diatomées et dinoflagellés au profit des diatomées. Ces résultats ouvrent tout un champ d'investigations sur les effets des changements dans la communauté phytoplanctonique sur le réseau trophique d’une baie faisant office de nurserie pour les poissons plats et de zone conchylicole.
Le comportement des sédiments, en tant que réserves de nutriments pour la production phytoplanctonique estivale, a été étudié et modélisé en 2015 dans la baie de Vilaine. Les flux benthiques d’azote, de phosphore et de silicium inorganiques dissous augmentent rapidement à la fin des blooms de phytoplancton qui sédimentent et subissent une phase de reminéralisation. La modélisation des cycles de l’azote du phosphore à l’interface eau/sédiment de la baie de Vilaine va permettre d’optimiser le modèle ECOMARS 3D et de mieux estimer les scénarios de restauration notamment sur la base d’un abattement des concentrations de nitrates dans les fleuves.