La filtration des huîtres Crassostrea gigas a pour conséquence la formation de fèces (particule ingérée et partiellement digérée) et de pseudofèces (particule non ingérée). Ces particules vont se déposer sur le sédiment et constituer les biodépôts. Au cours de cette étude, nous avons donc étudié l'impact de la biodéposition des huîtres sur les parcs ostréicoles l'Ile de Ré. Une étude comparée a été faite entre deux sédiments homogènes. L'un a été prélevé sous les tables ostréicoles (Fosse de Loix), et l'autre en dehors des zones d'élevage (Plage de Sablanceaux). Les deux zones sont à des niveaux bathymétriques identiques. Il apparaît que les sédiments de la zone ostréicole ont une teneur en matière organique plus élevée que le sédiment hors élevage. Ceci est dû à l'activité biologique de l'huître. Les fèces, sont  riches en matière organique et les pseudofèces sont riche en particules fines, accentuant ainsi les phénomènes d'adsorption de la matière organique sur le sédiment. Le recyclage des grandes quantités de matière organique par les bactéries augmente la consommation d'oxygène, rendant le sédiment en zone ostréicole plus réducteur. L'accumulation des différents constituants de la matière organique, Carbone, Azote, sucres solubles, et pigments chlorophylliens, s'effectue principalement dans les couches superficielles du sédiment. De manière générale des teneurs plus élevées sont présentes dans le sédiment de la zone ostréicole. L'analyse du C/N, indicateur de dégradation des composés organique, indique qu'il n'y a cependant pas d'accumulation massive de la matière organique. Ceci peut être dû à un hydrodynamisme, certes faible, mais suffisant, pour disperser les biodépôts ou à une activité bactérienne très intense.