Update of the abundance index for juvenile fish derived from aerial surveys of bluefin tuna in the western Mediterranean Sea

Type Article
Date 2018
Language English
Other localization https://www.iccat.int/Documents/CVSP/CV074_2017/n_6/CV074062887.pdf
Author(s) Rouyer Tristan1, Brisset Blandine1, Bonhommeau SylvainORCID2, Fromentin Jean-Marc1
Affiliation(s) 1 : IFREMER, - UMR MARBEC 248, Av. Jean Monnet, 34200 Sète, France
2 : IFREMER, - Le Port, La Réunion, France
Source Collective volume of scientific papers ICCAT (1021-5212) (International Commission for the Conservation of Atlantic Tunas), 2018 , Vol. 74 , N. 6 , P. 2887-2902
Note SCRS/2016/200
Keyword(s) Bluefin tuna, scientific cloud, stock assessment, grid computing, online processing
Abstract <p>Se describe un enfoque que hace posible ejecutar online el conjunto de c&oacute;digos utilizados para la evaluaci&oacute;n del stock de at&uacute;n rojo del este (BFTE) de ICCAT. En 2014, el Grupo de especies de at&uacute;n rojo de ICCAT ha podido ejecutar miles de ensayos de modelos utilizando la paralelizaci&oacute;n de c&oacute;digos R y Fortran en un superordenador. Este nuevo enfoque tiene muchos beneficios cient&iacute;ficos, pero muy pocos participantes podr&iacute;an reproducirlo sin unas capacidades espec&iacute;ficas. Desde noviembre de 2015, el H2020 BlueBridge project est&aacute; financiando un ingeniero para crear un sitio web (o VRE de Entorno de investigaci&oacute;n virtual) en el que los usuarios puedan parametrizar y ejecutar varios pasos del trabajo de la evaluaci&oacute;n de at&uacute;n rojo del este. Reempaquetando los c&oacute;digos facilitados por el grupo de especies de at&uacute;n rojo de ICCAT, los mismos c&oacute;digos son ahora ejecutables online. Pueden ser parametrizados, ejecutados y editados por cualquiera a partir de una simple p&aacute;gina web y los resultados se presentan en un formato de datos est&aacute;ndar. En esta etapa, este VRE viene con varios servicios web de colaboraci&oacute;n: un espacio de trabajo para compartir documentos o datos, p&aacute;ginas web o servidor RStudio para procesar los datos online y un servicio de comunicaci&oacute;n automatizado para generar documentos de forma din&aacute;mica empaquetando estos resultados. Dicho entorno de colaboraci&oacute;n permite almacenar y acceder a todo el conjunto de datos y c&oacute;digos fuente para replicar resultados pasados o intentar nuevas parametrizaciones del modelo con herramientas usuales o formularios web simples. Se prev&eacute; que dicho enfoque proporcione m&aacute;s transparencia y colaboraci&oacute;n entre los grupos de trabajo.</p>
Full Text
File Pages Size Access
Publisher's official version 16 1 MB Open access
Top of the page

How to cite 

Rouyer Tristan, Brisset Blandine, Bonhommeau Sylvain, Fromentin Jean-Marc (2018). Update of the abundance index for juvenile fish derived from aerial surveys of bluefin tuna in the western Mediterranean Sea. Collective volume of scientific papers ICCAT, 74(6), 2887-2902. Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00435/54638/