Depuis plusieurs années, on observe en période post-estivale un très important déficit en oxygène dissous dans l'estuaire de la Loire, accompagné par une mortalité élevée de certaines espèces halieutiques migratrices. L'origine de cette anoxie est imputée au stock de matière organique particulaire biodégradable qui est piégée dans la zone de turbidité maximale. A la demande de l'Association pour la Protection de l'Environnement de l'Estuaire de la Loire, un modèle mathématique a été mis en place pour décrire les mécanismes hydrodynamiques et hydrosédimenraires dans l'estuaire, ainsi que l'évolution de l'oxygène dissous et la dégradation de la matière organique. Dans une première phase, ce modèle reproduit l'évolution longitudinale et temporelle de l'oxygène dissous en tenant compte d'une matière organique biodégradable dissoute qui transite dans l'estuaire, et d'une matière organique biodégradable particulaire, qui est piégée dans la zone du "bouchon vaseux". La concentration de cette matière organique particulaire est, dans cette première phase,  directement reliée à celle des matières en suspension, elles mêmes reproduites de façon simplifiée à partir des mesures. L'application du modèle, après confrontation à des mesures d'oxygène en continu en trois points de l'estuaire, montre bien l'importance de la charge en matière organique biodégradable de cette zone de turbidité maximale. La dégradation de cet important stock de matière conduit à l'anoxie d'autant plus rapidement qu'il remonte vers l'amont de l'estuaire en période d'étiage.