L' intérêt porté à la compréhension des mécanismes de défense chez  l 'huître Crassostrea gigas s'est considérablement accru ces dernières années, principalement à cause des pertes économiques dues aux problèmes de pathologie qui menacent sa pérennité. La connaissance de ces mécanismes contribue à mieux comprendre les susceptibilités différentielles observées chez ces animaux face aux divers pathogènes. Les travaux exposés dans cette thèse ont pour objectif de définir la mise en place du système immunitaire de C. gigas au cours du cycle de vie par des approches de génomique fonctionnelle. Les travaux ont été focalisés sur l'étude de l' expression et la localisation, au cours du développement, d'effecteurs impliqués dans l'immunité précédemment identifiés chez l'huître adulte. Nous avons notamment démontré que les hémocytes apparaissent au stade gastrula-trochophore. Des expériences de stimulation avec des bactéries des stades de développement, ont mis en évidence une immunocompétence dès les premiers stades larvaires, soulignant l'implication des hémocytes et de plusieurs effecteurs dans l' immunité. Par une approche SSH (Suppression Subtractive Hybridization), nous avons identifié des gènes différentiellement exprimés à des stades de développement. Une fonction putative a été assignée à 26% des 668 séquences uniques, conduisant à un classement par catégories fonctionnelles. Indépendamment de ce classement, nous avons sélectionné 13 ESTs potentiellement impliqués dans des mécanismes biologiques liés au stress et à la réponse immunitaire de l'hôte, de par leur fonction chez l 'huître adulte ou chez d'autres espèces. Finalement, nous avons caractérisé un gène original, Cg-MyD88, qui constitue un composant de la voie de signalisation NF-KB, une voie conservée au cours de l'évolution et impliquée notamment dans la régulation de gènes immunitaires et du développement chez d' autres espèces. L'ensemble des résultats nous a conduit à mettre en évidence que le système immunitaire, chez les jeunes stades de l'huître C. gigas, est rudimentaire et immature, et se met en place progressivement mais assez rapidement après la fécondation. Les divers profils d' expression des gènes suggèrent des différences de réactivité au stress pour les  différents stades de développement, et pourraient ainsi expliquer les différences de susceptibilité aux infections. Ces résultats représentent une première contribution à la compréhension de l'ontogenèse du système  mmunitaire de l'huître.

The interest for the understanding of the immune mechanisms in the oyster, Crassotrea gigas has been considerably increased these last years, mainly because of economie losses due to diseases which affected the continuity of this species. The studies of these mechanisms contributes to a better understanding of the differential susceptibilities observed in this species against various pathogens. In the present study, our  goal was to define the ontogenesis of immune system in C. gigas during the development, by functional genomic approaches. The studies have been focalized on the analyses of expression and localization of effectors previously identified in adult oysters as implicated in immunity. We have shown, in particular, that hemocytes appear in the grastrula-trochophore stages. The acquisition of immunocompetence in the first larval stages has been shown using bacterial challenges, underlining the implication of hemocytes and various effectors. In addition, by SSH approach, we have identified genes differentially expressed in development stages. A putative function has been assigned to 26% of 668 single sequences, leading to a classification in functional categories. Independently of this classification, we have selected 13 ESTs potentially implicated in the biological mechanisms related to stress and immune response, according to their function in the adult oysters or in other species. Finally, we have characterized an original gene,  CgMyD88, a component of the signaling pathway NF-KB. This pathway is conserved in evolution and is implicated in particular in the immune related and the development gene regulation in other species. All these results have permitted to show that the immune system, in the oyster early stages, is rudimentary and immature, and appears progressively but quickly after the fertilization. The various patterns of gene expression suggest differences of reactivity to stresses by C. gigas development stages, and thus could explain the susceptibility differences to infections. These results represent a first contribution of the understanding of immune system ontogenesis in oyster.