Si l'étang de Thau comme la Méditerranée en général reste un site privilégié, car sa situation zoosanitaire est bonne par rapport aux autres centres de production, les risques et les problèmes pathologiques y existent. Dans ce cadre, une cellule du Réseau Pathologie des Mollusques (REPAMO) de I'IFREMER effectue, en particulier, un suivi général de l'état zoosanitaire de l'étang, un contrôle des transferts effectués et l'étude des mortalités qui peuvent survenir sur toute espèce de mollusques présente dans le bassin et en particulier l'huître creuse Crassostrea gigas et l'huître plate Ostrea edulis. C'est au sein de cette cellule du laboratoire conchylicole de Méditerranée de Palavas-les flots que mon stage a été effectué et dans ce contexte que ce rapport a été établi. Après avoir présenté l'Etang de Thau et abordé l'importance économique de la conchyliculture sur ce site, un premier axe du rapport est constitué par l'inventaire des principaux agents pathogènes connus chez les mollusques bivalves et en particulier chez l'huître creuse Crassostrea gigas et l'huître plate Ostrea edulis. L'état des connaissances sur l'herpès-like virus associé aux mortalités de C. gigas et sur Bonamia ostreae et Marteilia refringens responsable de mortalités sur Ostrea edulis est résumé. La mise en oeuvre des méthodes d'analyse et les résultats des recherches effectué es sur les mortalités estivales de 1997 de l'huître creuse et de l'huître plate de l'étang de Thau liées à l'infection virale et  aux deux protozoaires constituent le travail personnel réalisé durant mon stage au laboratoire de Palavas. Dans une première partie, les méthodes de détection de l'herpès-like virus seront présentées ainsi que les résultats obtenus. Diverses analyses ont été effectuées afin de pouvoir déterminer les facteurs susceptibles d'influencer le développement de ce virus et causer les mortalités. Une seconde partie sera constituée par  la présentation des techniques de détection de Bonamia et de Marteilia ainsi que les résultats du suivi du programme Huîtres plates 1997. Ce travail permet donc de mieux appréhender les problèmes dont est victime l'étang de Thau et ses coquillages et de mesurer l'impact sur la région que pourraient avoir les maladies infectieuses si rien n'est fait pour les combattre. De nombreux travaux sont toutefois en cours afin d'apporter une solution, mais le caractère particulier des mollusques bivalves marins en matière de défense immunitaire rend leur protection difficile. En dernier point, les moyens qui sont à notre disposition pour lutter efficacement contre les diverses parasitoses que nous connaissons seront présentés.