La spécificité du mode d'alimentation des coquillages fouisseurs présentera toujours un facteur de risques important pour leur qualité bactériologique car ils filtrent les particules présentes sur le sédiment superficiel fortement contaminé. Sur le Bassin d'Arcachon, 300 tonnes de coques et 120 tonnes de palourdes sont pêchées au banc d'Arguin et sur les vasières internes du nord-est de la baie. Leur taux de contamination varie de façon importante selon les sites et les périodes de l'année. Si le secteur central du bassin (île aux oiseaux) semble indemne de pollution, la majorité des zones de pêche peut être ponctuellement contaminée. Ce risque doit ètre pris en compte par la règlementation qui impose des mesures permettant d'améliorer la qualité sanitaire des coquillages provenant d'une zone suspecte et de garantir au consommateur l'innocuité des produits mis sur le marché. L'application de ces règles à la production du Bassin d'Arcachon n'engendre pas de modifications importantes dans le mode de fonctionnement des établissements expéditeurs. En effet, les professionnels utilisent déja des bassins de finition gui, outre leur capacité à dégorger les coquillages, permettent une décontamination sensible des bivalves.