Le modèle hydrodynamique/biogéochimique ECO-MARS 30 est appliqué à la Baie de Bourgneuf (mailles des 500 mètres) afin d'une part, de modéliser la production primaire et d'autre part, d'introduire le modèle de croissance de l'huître Crassostrea gigas (Bari lié et al, 1997). Le modèle n'étant muni ni d'un module de remise en suspension du sédiment, ni d'un module permettant de représenter le compartiment  microphytobenthique, une approximation (forçage d'une climatologie pour la matière en suspension, utilisation d'un terme source dans la couche de fond pour la chlorophylle) a été effectuée afin de représenter de manière schématique le gradient Nord-Sud de turbidité, les rapides changements de turbidité qui sont mesurés au niveau des bancs ostréicoles au cours d'une marée et la remise en suspension du microphytobenthos d'où provient la plus grande partie de la chlorophylle mesurée sur les sites ostréicoles du nord de la baie. Les résultats obtenus en termes de production primaire ont été comparés à des mesures in-situ et à une moyenne annuelle de chlorophylle issue de mesures satellitaires et sont nettement en accord avec elles. En ce qui concerne la croissance de l'huître, les résultats obtenus en tenant compte d'une couverture en filtreurs réaliste (huîtres cultivées, huîtres sauvages, crépidules et moules), même s'ils peuvent être améliorés, se comparent correctement avec les mesures effectuées en 2005 sur les sites ostréicoles de Graisseloup et de la Couplasse. Le modèle tend également à corréler de manière correcte l'hétérogénéité de la croissance de l'huître avec la turbidité avec des maximums de poids sec obtenus au sud de la baie (zone peu turbide) supérieurs à ceux obtenus au nord de la baie (zones très turbides). Différents scénarios de suppression de filtreurs compétiteurs et de modification du stock d'huîtres cultivées ont été testés à partir de ces résultats de croissance. Il apparaît ainsi qu'une suppression du stock d'huîtres sauvages aurait un impact beaucoup plus sensible sur la croissance des huîtres cultivées que la suppression du stock de crépidules. Il apparaît également que la croissance est très sensible aux stocks d'huîtres cultivées avec en moyenne une variation de 28 %du maximum poids sec pour une variation du stock de 25 à 250 % des 46 000 tonnes prises comme valeur actuelle. Le modèle peut cependant être largement amélioré, notamment dans la représentation de la spatialisation de la croissance par la mise en place d'un module cc érosion-dépôt " qui permettra de représenter de manière plus réaliste la turbidité dans la baie.