En aquaculture, sur une cinquantaine d'algues testées, seulement une douzaine présente un réel intérêt en écloserie-nurserie de bivalves (Chrétiennot-Dinet et al, 1986). Le premier but de notre travail est de caractériser 11 espèces de microalgues au cytomètre en flux afin de fournir un outil descriptif, facilement réutilisable, de ces espèces et d' évaluer l' influence de l'état physiologique et de la méthode de fixation sur les signatures cytométriques. Les paramètres mesurés au cytomètre en flux sont la FSC, la FL3 et la SSC liées respectivement à la taille, la fluore scence et la structure des cellules phytoplanctoniques. Les résultats montrent que les signatures sont extrêmement variables entre espèces et à l' intérieur d' une espèce. Seules, deux espèces du genre Tetraselmis, de taille plus importante, se distinguent des autres. Le deuxième but de notre travail est de mettre au point un outil d'analyse et d'étudier la sélection par les larves d' huîtres Crassostrea gigas des cellules mortes par rapport aux cellules vivantes. Les résultats montrent que le marqueur de viabilité SYTOX Green dont la fluorescence est détectée au cytomètre en flux, marque bien les cellules mortes de l'espèce Pavlova lutheri. Par une étude du grazing de cette microalgue, les premiers résultats obtenus au Coulter et au cytomètre en flux nous indiquent que les larves umbonées d' huîtres ingèrent préférentiellement les cellules mortes.