La surveillance des phycotoxines dans les coquillages dans leur milieu naturel étant étroitement liée à la surveillance des espèces phytoplanctoniques dans le milieu marin, l’ensemble des modalités de cette surveillance est détaillée dans plusieurs documents de prescription, dont les principaux sont : (i) le Cahier des Procédures REPHY, qui constitue la partie institutionnelle des prescriptions du Réseau de Surveillance du Phytoplancton et des Phycotoxines (REPHY), (ii) celui ci est complété chaque année par un Document de Programmation REPHY annuel, qui en constitue la partie évolutive, et par des Manuels de Méthodes.