Les écosystèmes côtiers marins sont parmi les plus productifs au monde et jouent un rôle essentiel dans le cycle de la matière. Ces écosystèmes ont en effet une très forte capacité d'exportation de matière, de ressources trophiques et d'organismes. Ces milieux sont en particulier fortement influencés par les variations des conditions hydro-climatiques environnantes. C’est avec l’objectif de mieux comprendre le fonctionnement écologique de ces milieux de transition que la présente étude a été réalisée. L’objectif de cette étude est d’une part de mettre en place une méthodologie de mesure et de calcul des flux d’eau et de nutriments au sein de ces milieux de transition en Haute-Corse, et d’autre part d’extrapoler les résultats horaires à des simulations journalières, saisonnières et annuelles pour la lagune de Biguglia et l’estuaire de Fiume Santu.