Première évaluation de la diversité des communautés microbiennes planctoniques au cours d'épisodes de mortalité des moules bleues en France : utilisation de l'approche de métabarcoding pour l'analyse de l'ADN environnemental

Type Poster
Date 2019
Langue(s) Français
URL alternative http://www.aires-marines.fr/Evenements/Journees-scientifiques-et-techniques-Mer
Auteur(s) Pepin Jean-Francois1, Bouget Jean-Francois2, Chabirand Jean-Michel3, Chasselin Leo1, Costes Louis1, Grizon James3, Lejolivet Aurore4, Le Noc Sandrine4, Palvadeau Hubert5, Schmitt Anne6, Seugnet Jean-Luc1, Soletchnik Patrick1, Travers Marie-AgnesORCID7, Tourbiez Delphine7, Guesdon Stephane1
Contributeur(s) Derrien Annick, Genauzeau Sylvie, Manach Soazig, Retho Michael, Cheve Julien, Leroy , Quintric Laure, Hervio Heath Dominique
Affiliation(s) 1 : IFREMER, PDG-ODE-LITTORAL-LERPC, Station de La Tremblade, Avenue de Mus de Loup, F-17390 La Tremblade, France
2 : IFREMER, PDG-ODE-LITTORAL-LERMPL, Station de Lorient, 8, rue François Toullec, F-56100 Lorient, France
3 : IFREMER, PDG-ODE-LITTORAL-LERPC, Station de La Rochelle, Place Gaby Coll, BP 7, F-17137 L'Houmeau, France
4 : IFREMER, PDG-ODE-LITTORAL-LERBN, Station Ifremer de Dinard - CRESCO, 38 rue du Port Blanc, F-35800 Dinard, France
5 : IFREMER, PDG-RBE-SGMM-PMMB, Station de Bouin, Polder des Champs, F-85230 Bouin, France
6 : IFREMER, PDG-ODE-LITTORAL-LERMPL, Centre Atlantique, Rue de l'Ile d'Yeu, BP 21105, F-44311 Nantes Cedex 03
7 : IFREMER, PDG-RBE-SGMM, Station de La Tremblade, Avenue de Mus de Loup, F-17390 La Tremblade, France
Conférence Journées scientifiques et techniques Mer " (JST) : Journées de partage entre les experts de la biodiversité marine, AFB - Agence Française pour la Biodiversité. 11-12 juin 2019, Océanopolis Brest, France
Mot-Clé(s) MORBLEU, Moules, Mortalité, ADN environnemental, eDNA, Metabarcoding, Communautés microbiennes
Résumé

Dans le cadre d’une étude associée aux épisodes de mortalité des moules bleues en France, visant à décrire et comprendre les facteurs qui peuvent favoriser ces mortalités, un panel de paramètres biotiques et abiotiques ont été suivis sur différents sites entre 2015 et 2018. Ce projet a été cofinancé par Ifremer et la DPMA (étude MORBLEU, MORtalité des moules BLEUes). Parmi les facteurs biotiques évalués, une approche basée sur l’ADN environnemental de la colonne d’eau a permis de décrire dans l’espace et dans le temps l’évolution de la dynamique et de la diversité des communautés microbiennes planctoniques, procaryotes et eucaryotes (NGS, metarbarcoding). Nous détaillons la stratégie d’échantillonnage utilisée, les matériels et méthodes mis en œuvre au cours du projet, du prélèvement au séquençage ADNe et quelques résultats préliminaires.

 

 

Résumé en anglais

Since 2014 in France, in Charente maritime and Vendée, farmed and stocks of blue mussels experienced strong mortality events. In this context, the « MORBLEU » research project (DPMA-Ifremer agreement) was initiated to explore potentially aggravating factors, associated or correlated with mortality of mussels. Here, the work is to study biotic factors in mussels environment, looking for describe diversity and evolution of microbial communities (water column) before, during and after mortality events using NGS technology (metabarcoding) for environmental DNA analysis. We present, sampling strategy used from 2015 to 2018, Material & Methods and some preliminary results.

 

Texte intégral
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Comment citer 

Pepin Jean-Francois, Bouget Jean-Francois, Chabirand Jean-Michel, Chasselin Leo, Costes Louis, Grizon James, Lejolivet Aurore, Le Noc Sandrine, Palvadeau Hubert, Schmitt Anne, Seugnet Jean-Luc, Soletchnik Patrick, Travers Marie-Agnes, Tourbiez Delphine, Guesdon Stephane (2019). Première évaluation de la diversité des communautés microbiennes planctoniques au cours d'épisodes de mortalité des moules bleues en France : utilisation de l'approche de métabarcoding pour l'analyse de l'ADN environnemental. Journées scientifiques et techniques Mer " (JST) : Journées de partage entre les experts de la biodiversité marine, AFB - Agence Française pour la Biodiversité. 11-12 juin 2019, Océanopolis Brest, France. https://archimer.ifremer.fr/doc/00505/61664/