Les phanérogames marines sont devenues ces dernières années des "espèces phares". Habitat à forte valeur écologique et patrimoniale, les herbiers bénéficient de mesures de gestion et de protection à différentes échelles : locale, nationale et internationale. Il y a donc un contexte favorable pour que les connaissances sur les herbiers progressent et que leur dynamique spatio-temporelle soit surveillée à une échelle globale.

Depuis quelques années, et en lien avec les exigences des directives européennes, les phanérogames marines ont servi de support pour le développement et la valorisation des outils et techniques de télédétection pour la planification d'une gestion et d’une stratégie de surveillance efficace. En France, les méthodes pour évaluer les paramètres relatifs à leur distribution sont diverses. L’imagerie optique (aéroportée et satellite) est souvent utilisée pour cartographier les herbiers en zone intertidale. En zone subtidale, la technologie acoustique est une alternative pour accéder aux herbiers submergés.

Cependant, les résultats peuvent varier en fonction des techniques de cartographie utilisées (GPS, imagerie optique ou acoustique, etc.), des méthodes de délimitation (traitement automatique ou photo-interprétation), des seuils retenus par les opérateurs pour délimiter les herbiers (indice spectraux), et de la nature des objets mesurés (surface végétalisée ou enveloppe de l’herbier, degré de fragmentation, etc.).  Afin d’assurer l’homogénéité des rendus et permettre l’élaboration des bilans à l’échelle nationale, les efforts doivent converger vers une standardisation des protocoles de cartographie des herbiers et du  suivi de leur dynamique.

Elaboré dans le cadre de la convention Ifremer-AQUAREF-AFB 2016-2018, le présent document constitue ainsi un guide technique pour la cartographie des herbiers de zostères qui complète les protocoles de suivi stationnel existants dans le cadre de la DCE (Directive Cadre sur l’Eau). Il pourra également être utilisé pour répondre aux objectifs des autres directives : Directive Habitats Faune et Flore (DHFF) et Directive Stratégie milieu Marin (DCSMM).