Les lagunes côtières méditerranéennes sont souvent définies comme des écosystèmes homogènes qui abritent de nombreuses espèces migratrices et sédentaires. Ils abritent pourtant de forts gradients de salinité, des variations de profondeur et des communautés végétales très diverses, qui créent une hétérogénéité à petite échelle au sein des lagunes. C'est pourquoi chaque lagune doit être décrite comme une entité à elle seule composée d'une multitude de caractéristiques homogènes, appelées habitats, qui soutiennent des fonctions écologiques spécifiques aux organismes (nurserie, alimentation, protection contre les prédateurs ...). Bien que de nombreuses études aient abouti à la collecte d'un grand nombre de données physiques, chimiques et biologiques dans les lagunes côtières méditerranéennes, il existe actuellement un manque de connaissances sur la répartition spatiale de ces habitats. Dans notre projet, (1) nous développons une nouvelle classification des habitats adaptée aux lagunes côtières méditerranéennes cohérent avec le système EUNIS (European Nature Information System), (2) nous cartographions ces habitats dans les lagunes côtières méditerranéennes françaises, et (3) nous identifions et estimons leur surface. Sur la base des données physiques, chimiques et biologiques collectées dans 36 lagunes méditerranéennes permanentes françaises depuis les années 2000, nous avons élaboré pour la première fois une classification unique et homogène de l'habitat basée sur six niveaux hiérarchiques: salinité, substrat, disponibilité de la lumière, hydrodynamique, état trophique et biologie. Au total, 224 habitats ont été cartographiés dans l'ensemble des lagunes méditerranéennes côtières françaises, dont 1 à 24 habitats différents par lagune. Cette cartographie des habitats (échelle 1: 100 000) met en évidence la mosaïque des habitats exisants au sein des lagunes côtières méditerranéennes françaises considérées jusqu'à présent comme relativement homogènes. L'intégration de ces nouvelles connaissances permet désormais de disposer d'outils pour définir des stratégies d'échantillonnage spatial, de gestion et de planification à l'échelle locale et régionale. La définition structurelle de ces habitats devrait être un premier pas vers la définition d'habitats fonctionnels pour les organismes habitant ces lagunes.

Coastal Mediterranean lagoons are often defined as homogeneous ecosystems that home many migratory and sedentary species. They also host strong salinity gradients, depth variation and very diverse plant communities, which create small-scale heterogeneity within lagoons. This is why each lagoon must be described as an entity by itself made up of a multitude of homogeneous features, called habitats, which support specific ecological functions for organisms (nursery, feeding, protection against predators...). Although many studies have resulted in collecting high numbers of physical, chemical and biological data in coastal Mediterranean lagoons, there is currently a lack of knowledge of the spatial distribution of these habitats. In our project, we (1) develop a new habitat classification adapted to coastal Mediterranean lagoons and in coherence with EUNIS system (European Nature Information System), (2) map those habitats in French coastal Mediterranean lagoons, and (3) identify and estimate their surface. Based on physical, chemical and biological data collected from 36 permanent French Mediterranean lagoons since the 2000s, we elaborate for the first time a unique and homogeneous habitat classification based on six hierarchical levels: salinity, substrate, light availability, hydrodynamics, trophic state and biology. A total of 224 habitats were mapped in all French coastal Mediterranean lagoons, including 1 to 24 different habitats per lagoon. This habitat mapping (1:100,000 scale) highlights the mosaic of habitats hosted by French coastal Mediterranean lagoons considered until now as relatively homogeneous. The integration of this new knowledge now makes it possible to have tools to help define spatial sampling strategies, management and planning at local and regional scales. The structural definition of these habitats should be a first step towards defining functional habitats for the organisms inhabiting these lagoons.