Ce manuel vise à décrire les protocoles usuellement appliqués par les équipes de l'Ifremer dans le cadre du Réseau d'Observation et de Surveillance du Phytoplancton et de l’Hydrologie dans les eaux littorales (REPHY), pour l'estimation de l'abondance et de la composition taxinomique du phytoplancton marin, en nombre de cellule par litre, dans un échantillon d'eau fixée au lugol, à l'aide d'un microscope inversé. Les résultats de ces analyses attendus dans le cadre des objectifs du REPHY cités en introduction sont bancarisés dans la base de données Quadrige. Les protocoles appliqués s'inspirent des lignes directrices de la norme NF EN 15204 fondée sur la technique de sédimentation classique telle que définie par Utermöhl en 1958. Cette nouvelle version apporte en particulier des précisions sur les taxons toxiques ou nuisibles cibles en France et sur les contrôles qualité internes à mettre en oeuvre pour garantir la qualité des résultats d'analyses.