La pêche au chalut de fond est une activité très répandue au sein des plateaux continentaux Nord Européens. Cette activité est susceptible d’altérer les habitats benthiques, la structure et la biodiversité des communautés benthiques ainsi que le fonctionnement de l’écosystème benthique. Toutefois, les effets du chalutage de fond sont variables selon les habitats considérés et, en particulier, selon l’intensité des sources naturelles de perturbations auxquels les écosystèmes benthiques sont exposés. Par conséquent, il est difficile de prédire les effets de l’activité de pêche, ce qui impose une investigation systématique dans chaque pêcherie. Le Golfe de Gascogne (GdG) héberge une importante pêcherie à langoustines et à merlu dans laquelle le chalutage de fond tiens une place majeure, tans d’un point de vue économique que par l’effort de pêche qui y est exercé. Cependant, l’écosystème benthique du GdG reste, encore à ce jour, relativement méconnu. Cette thèse participe à combler ce manque de connaissance en étudiant le rôle des facteurs naturels et du chalutage de fond sur la structure et le fonctionnement des communautés benthiques. L’attention s’est portée sur une zone de sédiments meubles -appelée "Grande Vasière" (GV)- qui concentre l’essentiel de l’effort de pêche au sein du GdG. A l’échelle de la GV, nos résultats suggèrent que le chalutage de fond serait le principal moteur de structuration du mégabenthos (> 10 mm). Cependant, cette hypothèse n’a pas pu être formellement acceptée en raison de la difficulté à dissocier l’activité de pêche de certaines caractéristiques environnementales (profondeur, strates sédimentaires). Par conséquent, les travaux ont été poursuivis sur une zone restreinte de la GV, choisie de manière à minimiser les variations dans les caractéristiques de l’habitat, tout en conservant un gradient d’intensité de chalutage représentatif de celui qui a été observé à l’échelle de la GV. Les résultats obtenus sur cette zone suggèrent que le chalutage entraine des modifications de la structure des communautés mégaet macro-benthiques (> 1 mm) mais que ces effets sont saisonniers et temporaires. Ils proviendraient essentiellement d’une disponibilité alimentaire accrue pour les prédateurs-charognards de la mégafaune et de modifications des caractéristiques sédimentaires pour la macrofaune. A contrario, l’étude de la diversité fonctionnelle, via l’analyse des traits biologiques des organismes, suggère que les changements dans la structure macro- et méga-benthique ont des répercussions mineures dans le fonctionnement de l’écosystème. Nous avons conclu qu’il est possible que l’écosystème benthique de la GV du GdG ait été façonné par plusieurs décennies de pêche intensive et qu’il soit actuellement adapté à des perturbations anthropiques chroniques.

Bottom trawling is a widespread fishing activity that covers most of the North-European continental shelves. This activity is likely to alter the benthic habitats, the structure and biodiversity of benthic communities as well as the ecosystem functioning. However, bottom trawling effects vary according to the habitats and, specifically according to the magnitude of the natural sources of disruptions. Consequently, it is difficult to predict the effects of the fishing activity. So, a specific investigation has to be conducted in each fishery in order to characterize the effect of bottom trawling. The Bay of Biscay (BoB) is fished for Norway lobsters and hake. Bottom trawling is one of the most important fishing activities, both economically and regarding to the fishing effort. Nevertheless, the benthic ecosystem of the BoB is still relatively unknown. The present thesis participates to fill this lack of knowledge by investigating the role of natural factors and bottom trawling on the structure and functioning of the benthic communities. We focused on a soft bottom area called "Grande Vasière" (GV) that crystalizes most of the fishing effort within the BoB. At the GV scale, our results suggest that bottom trawling is the main factor that drives the megabenthic structure (> 10mm). However, this hypothesis has not been formally verified because of the difficulty to dissociate the effects of the fishing intensity and from those of certain environmental characteristics (depth, sediment classes). Hence, our further works have be conducted on a restricted part of the GV, chosen in order to minimize the environmental variations while conserving the gradient of trawling intensity that has been previously observed at the GV scale. Results obtained on this small area suggest that bottom trawling modifies the structure of both mega- and macrobenthic (> 1mm) communities. However, the effects were seasonal and transient. They could be attributable to an increase of food availability for megafaunal predator-scavengers and to changes of the sedimentary characteristics for macrofauna. A contrario, the investigation of functional diversity thanks to a biological traits analysis, suggests that changes in the structure of benthic communities have minor repercussions on the benthic ecosystem functioning. We concluded that the benthic ecosystem functioning of the GV has been adapted to several decades of intensive trawling.