Afin d'améliorer la qualité sanitaire des coquillages du secteur La Baule - Le Pouliguen, la Communauté d'Agglomération CAP Atlantique a mis en place un programme d'étude pour identifier les sources de pollution sur ce secteur et initier des actions permettant de limiter les apports d'origine fécale aux coquillages. Dans le cadre de cette présente étude, de juin 2006 à décembre 2007, deux méthodes d'identification de l'origine de la contamination fécale en cours de développement au laboratoire de microbiologie d'Ifremer de Brest, ont été appliquées sur des lots de coquillages (n=87 ; 6 sites) et des échantillons d'eaux (n=40 ; 7 localisations). La première méthode consistait à rechercher par PCR conventionnelle les gènes codant les ARN ribosomiques (ARNr) 16s de Bacteroidales spécifiques de l'homme, des ruminants ou du cheval et de l'ensemble des Bacteroidales tandis que la deuxième était basée sur la détection par méthode culturale et le génotypage de bactériophages F+ARN spécifiques ; la présence des phages de génogroupes 1 et IV, prédominants dans les feces et les effluents d'origine animale, suggérant une contamination d'origine animale et la présence des phages de génogroupes II et III, prédominants dans les effluents d'origine humaine, indiquant une contamination par l'homme. Les gènes codant les ARNr 16s de Bacteroidales spécifiques d'un hôte, recherchés dans les lots de coquillages dont les concentrations en E. coli étaient supérieures à 230 par 100 g de chair et liquide intervalvaire (n=44) et dans la totalité des eaux, ont été détectés dans 20 % des lots de coquillages et 50 % des échantillons d'eaux tandis que la recherche et le génotypage des bactériophages, réalisés sur la totalité des coquillages (n=87) et des eaux, ont conduit à un résultat représentatif (> 20 isolats) dans 38 % des lots de coquillages et 57 % des eaux. Les résultats obtenus par ces deux méthodes suggèrent une contamination mixte avec une prédominance de la contamination humaine dans les coques de la plage Benoît (La Baule) et de la plage de Nau (Le Pouliguen), une contamination essentiellement d'origine animale dans les moules de l'îlot des Evens (large de La Baule), avec suspicion d'une contamination par les fientes d'oiseaux présents en nombre important sur cet îlot, et une contamination essentiellement d'origine humaine pour les moules de Penchâteau (Le Pouliguen). L'application de ces méthodes sur les échantillons d'eau indique une contamination essentiellement humaine au niveau des rejets du Nau (Le Pouliguen), de Piriac, de l'étier du Pouliguen, du ruisseau de la Torre (La Baule) et des eaux du Croisic et de Mazy (La Baule) tandis que l'étier de Pont d'Arm au Frostidié (Assérac) semble être contaminé par des apports d'origine animale. Ces deux méthodes ont permis d'apporter des données complémentaires importantes pour identifier les sources de contamination sur ce secteur. Des améliorations techniques sont encore nécessaires pour obtenir une meilleure sensibilité et des résultats quantitatifs (recherche des gènes codant les ARNr 16s de Bacteroidales par PCR en temps réel, par exemple). De plus, afin d'acquérir une connaissance plus approfondie de certains sites, les analyses seront poursuivies en 2008 sur des lots de coquillages de certains sites et sur quelques affluents.