Les travaux relatifs à la mise en oeuvre de la DCE à La Réunion ont démarré au début des années 2000, avec la mise en place de 4 groupes de travail DCE experts dont les travaux ont été synthétisés au travers de 4 fascicules techniques définissant les conditions de mise en oeuvre des différents suivis du réseau de contrôle de surveillance (RCS) DCE en milieu marin à La Réunion : paramètres physicochimiques et phytoplancton, contaminants chimiques, benthos de substrats meubles, benthos de substrats durs.
Le Parc Naturel Marin de Mayotte (PNMM) est chargé de la mise en oeuvre de la DCE sur ce territoire depuis 2013, et s'appuie sur un groupe de travail experts "eaux littorales" animé conjointement par le PNMM et l'Ifremer.
Les fascicules décrivant les suivis à La Réunion ont été révisés en 2019 pour s'appliquer à l'océan Indien. Ce fascicule vient en complément des quatre fascicules techniques pour la mise en oeuvre de la DCE et décrit les indicateurs et grilles de qualité permettant d’évaluer l’état environnemental des masses d’eau.