Le Golfe du Morbihan est une mer intérieure avec un système hydrodynamique complexe, dans laquelle se jettent cinq rivières et qui regroupe une cinquantaine d’îles. Cette masse d’eau abrite un écosystème riche, ainsi que de nombreuses zones conchylicoles et de pêche à pied professionnelle. Elle fait ainsi l’objet d’un suivi environnemental dans le cadre de la DCE  et  d’un  suivi  sanitaire  dans  le  cadre  du  REPHY  sanitaire.  Ces  suivis  hydrologique  et  phytoplanctonique se font à la station « Creizic » dans un secteur où l’hydrodynamisme est fort, et donc susceptible de ne pas être représentatif de l’ensemble du Golfe.  
Cette étude visait à étudier la pertinence du suivi actuel en testant en parallèle une nouvelle station « Roche Colas », située plus au centre de la masse d’eau du Golfe, dans un secteur où l’hydrodynamisme serait plus représentatif de l’ensemble du Golfe. Les résultats obtenus sur chacune des deux stations entre 2016 et 2019 ont été comparés de manière détaillée, puis interprétés selon les critères environnementaux de la DCE et sanitaires du REPHY afin de recommander le suivi le plus pertinent.  
Les  résultats  montrent  que  la  structure  hydrologique  des  deux  stations  (température,  salinité)  est  similaire,  avec  une  colonne  d’eau  homogène  pratiquement  toute  l’année. Toutefois, les températures plus élevées observées à la station « Roche Colas » confirment un temps de résidence des eaux plus important sur ce secteur. Ce temps de résidence des eaux  plus  élevé  favorise  le  développement  de  phytoplancton  sur  cette  station  ;  les  concentrations  en  phytoplancton  y  sont  ainsi  plus  élevées.  Les  concentrations  en phytoplancton  toxique  sont  du  même  ordre  de  grandeur  sur  les  deux stations, mais la  concentration‐seuil en Dinophysis a été dépassée plus fréquemment sur la station « Roche Colas » pendant la période d’étude.
Ce suivi montre que la station « Roche Colas » est plus pertinente que la station « Creizic » pour le suivi des éléments de qualité « phytoplancton » et « hydrologie » de la masse d’eau FRGC39 dans le cadre du réseau de contrôle de surveillance de la DCE ainsi que pour le suivi des espèces phytoplanctoniques toxiques dans le cadre du réseau REPHY.