L’océan côtier occupe une position clé dans le cycle du carbone et est exposé à l’acidification des océans. Une grande partie de matière organique(MO) marine et continentale est minéralisée dans les sédiments estuariens par des voies aérobies ou anaérobies. Cette minéralisation produit du carbone inorganique dissous (DIC), mais aussi de l’alcalinité totale(TA) pour la partie anoxique, ce qui tamponne les variations de pH du système et augmente la capacitéde l’eau de mer à absorber du CO2. Des mesures dans les sédiments du prodelta du Rhône ont montré que la minéralisation anoxique, surtout la sulfato-réduction, y est dominante et produit des forts flux de TA et de DIC. Proche de l’embouchure, c’est surtout la MO continentale qui est minéralisée et la fraction marine augmente vers le large. Une expérience d’acidification des sédiments de la baie de Villefranche-sur-mer a montré que l’acidification des océans cause la dissolution des carbonates ce qui tamponne le pH dans les sédiments.

Continental shelves are key regions for the global carbon cycle and particularly exposed to ocean acidification. A large part of organic matter (OM) of continental and marine origin is mineralized in estuarine sediments following oxic and anoxic pathways. This mineralization produces dissolved inorganic carbon (DIC) leading to acidification of the bottom waters. Anoxic mineralization can produce total alkalinity (TA) that can contribute to buffer bottom water pH and increase the CO2 storage capacity of seawater. Measurements in the sediments of the Rhone River prodelta showed that anoxic mineralization, especially sulfate reduction, are the major pathways of OM mineralization and create high DIC and TA fluxes. Land derived OM is mineralized close to the river mouth and marine OM takes over on the shelf. An acidification experiment with sediment cores from the bay of Villefranche evidenced that acidification causes carbonate dissolution at the sediment surface that buffers porewater pH