L’huître plate Ostrea edulis est un mollusque bivalve natif des côtes européennes. Depuis la fin du XXème siècle, elle est frappée par deux épizooties dues aux parasites protozoaires Marteilia refringens et Bonamia ostreae. Aujourd’hui, alors que la profession manifeste un regain d’intérêt pour cette espèce patrimoniale et que des programmes de conservation et de restauration se développent en Europe, ces parasitoses exercent toujours un impact sur les populations naturelles et d’élevage. Les moyens de lutte contre ces parasites sont restreints et leur contrôle nécessite une bonne connaissance de leur cycle ainsi que de leurs interactions avec leurs hôtes. Si, le développement des parasites dans les bivalves est relativement bien décrit, des questions subsistent quant à leur distribution dans l’environnement.
Dans ce contexte, ces travaux de thèse ont permis de développer des approches eDNA /eRNA permettant la détection des parasites dans l’eau de mer et le benthos. Ces outils, combinés à des observations en microscopie pour M. refringens ont été utilisés pour étudier expérimentalement la survie et la dynamique de libération des parasites en dehors de l’huître. Ces approches analytiques ont également été utilisées dans le cadre d’une étude in situ en Rade de Brest portant sur la distribution environnementale et la dynamique temporelle des parasites au niveau d’un gisement naturel d’huîtres plates.
Les approches développées et les résultats obtenus apportent un éclairage sur l’écologie de ces microparasites non cultivables et présentent aussi un intérêt pour la surveillance et l’évaluation de l’état de santé des derniers gisements d’huîtres plates.

The flat oyster Ostrea edulis is a bivalve mollusc native from European coasts. Since the end of the 20th century, this species has been struck by two epizootics diseases caused by the protozoan parasites Marteilia refringens and Bonamia ostreae. Today, although shellfish farmers are showing a renewed interest in this patrimonial species and conservation and restoration programs are developing in Europe, these parasitic diseases still put pressure on natural and farmed populations. Solutions to control these diseases are limited and require a good knowledge of parasite life cycles as well as their interactions with their hosts. Although the development of parasites in bivalves is relatively well described, questions remain about their behaviour in the environment.
In this context, these PhD works have contributed to the development of eDNA / eRNA based approaches allowing the detection of parasites in seawater and benthos. These tools, combined with microscopical examination for M. refringens, were used to investigate experimentally parasite survival and release dynamics outside the flat oyster. These analytical approaches were also used in the context of a field study carried out in Rade of Brest on the environmental distribution and temporal dynamics of the parasites on a natural flat oyster bed.
The developed approaches and obtained results not only bring new perspectives on the ecology of these non-cultivable microparasites but are also of interest for the surveillance and the evaluation of the health status of lasts flat oyster beds.